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About the dataset

Open zyqdsn opened this issue 2 years ago • 12 comments

您好,我在下载了uk的2964返回数据集后,找到了标注数据,但是里面并没有CVI42的xml文件,请问这个解析标注数据的xml文件是您这边制作的,还是从uk下载的呢

zyqdsn avatar Oct 11 '22 11:10 zyqdsn

您好,我在uk注册成功后在哪找到2964的返回数据集呀?需要写application申请还是能直接下呀?能教教我吗?

TheGreatLidia avatar Feb 28 '23 02:02 TheGreatLidia

您好,我在uk注册成功后在哪找到2964的返回数据集呀?需要写application申请还是能直接下呀?能教教我吗?

你去看uk官方的那个说明pdf,里面写了有一类数据属于研究人员返回数据,那里告诉你怎么下载了,需要去申请,这个好像你当时买uk数据的时候买了的话就能下,没有买应该不行

zyqdsn avatar Feb 28 '23 12:02 zyqdsn

您好,感谢您的解答。按照您给的方法我看了UK提供的两份pdf文件(application和showcase)。因为咱们要用到application 2964的数据,我看pdf的意思是需要application的PI授权同意才能使用,于是我给PI发了邮件,请问您当时是这样申请的吗?此外,因为急用该数据做毕业论文,但是对方一直没有回复,如果您这边方便的话,能否发一份数据给我呢?(绝不用作商用,邮箱是[email protected]

TheGreatLidia avatar Mar 01 '23 07:03 TheGreatLidia

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据

zyqdsn avatar Mar 01 '23 07:03 zyqdsn

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候,是适用于所有的heart mri嘛,还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像,因为我再用该脚本转换格式的时候,Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

Janner125 avatar Apr 14 '24 14:04 Janner125

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧?除了原作者的文章,还有别的研究也用过,所以我觉得应该是适用于所有的heart。
  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决,我记得ukbiobank里有邮箱联系方式,你找找看吧。

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04 @.>; @.@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候,是适用于所有的heart mri嘛,还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像,因为我再用该脚本转换格式的时候,Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。

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TheGreatLidia avatar Apr 14 '24 14:04 TheGreatLidia

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧?除了原作者的文章,还有别的研究也用过,所以我觉得应该是适用于所有的heart。 2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决,我记得ukbiobank里有邮箱联系方式,你找找看吧。 ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04 @.>; @.@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15) 不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据 请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候,是适用于所有的heart mri嘛,还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像,因为我再用该脚本转换格式的时候,Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***> 非常感谢您的回复!

Janner125 avatar Apr 14 '24 14:04 Janner125

我尝试过但没有成功,你可以去ukbiobank和PI联系试一下,要么让他加你权限要么提proposal

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:32 @.>; @.@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

非常感谢能够收到您的回复!我想再请教您一个问题,就是我这边申请的数据集里面只有原始图像没有标签图像,我看这个github作者使用了一个returned app号为2964的数据集,里面好像有五千张原图和标签,请问您申请过吗

---Original--- From: @.> Date: Sun, Apr 14, 2024 22:21 PM To: @.>; Cc: @.@.>; Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧?除了原作者的文章,还有别的研究也用过,所以我觉得应该是适用于所有的heart。
  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决,我记得ukbiobank里有邮箱联系方式,你找找看吧。

------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>;
发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04
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@.@.>;
主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候,是适用于所有的heart mri嘛,还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像,因为我再用该脚本转换格式的时候,Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。


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TheGreatLidia avatar Apr 14 '24 14:04 TheGreatLidia

好的非常感谢您!

---Original--- From: @.> Date: Sun, Apr 14, 2024 22:52 PM To: @.>; Cc: @.@.>; Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

我尝试过但没有成功,你可以去ukbiobank和PI联系试一下,要么让他加你权限要么提proposal

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:32 @.>; @.@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

非常感谢能够收到您的回复!我想再请教您一个问题,就是我这边申请的数据集里面只有原始图像没有标签图像,我看这个github作者使用了一个returned app号为2964的数据集,里面好像有五千张原图和标签,请问您申请过吗

---Original---
From: @.>
Date: Sun, Apr 14, 2024 22:21 PM
To: @.
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Cc: @.@.>;
Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧?除了原作者的文章,还有别的研究也用过,所以我觉得应该是适用于所有的heart。
  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决,我记得ukbiobank里有邮箱联系方式,你找找看吧。

------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>;
发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04
@.
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@.@.>;
主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候,是适用于所有的heart mri嘛,还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像,因为我再用该脚本转换格式的时候,Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。


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Janner125 avatar Apr 14 '24 14:04 Janner125

您好!我想问一下application 2964不是一个别人的项目号吗,我们应该不能申请别人项目里面的东西吧,是把所有的returned id都下下来吗

---Original--- From: @.> Date: Sun, Apr 14, 2024 22:52 PM To: @.>; Cc: @.@.>; Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

我尝试过但没有成功,你可以去ukbiobank和PI联系试一下,要么让他加你权限要么提proposal

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>; 发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:32 @.>; @.@.>; 主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

非常感谢能够收到您的回复!我想再请教您一个问题,就是我这边申请的数据集里面只有原始图像没有标签图像,我看这个github作者使用了一个returned app号为2964的数据集,里面好像有五千张原图和标签,请问您申请过吗

---Original---
From: @.>
Date: Sun, Apr 14, 2024 22:21 PM
To: @.
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Cc: @.@.>;
Subject: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

  1. 印象中这个数据集是按照一定的准则挑选了一些样本合成的吧?除了原作者的文章,还有别的研究也用过,所以我觉得应该是适用于所有的heart。
  2. 你可以去联系一下数据的owner问问他这个问题怎么解决,我记得ukbiobank里有邮箱联系方式,你找找看吧。

------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: "baiwenjia/ukbb_cardiac" @.>;
发送时间: 2024年4月14日(星期天) 晚上10:04
@.
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@.@.>;
主题: Re: [baiwenjia/ukbb_cardiac] About the dataset (Issue #15)

不好意思这是和我们合作的医院机构买的数据,我也是帮忙处理,不能给你提供,抱歉,或者你可以先去看看公共的医学图像数据

请问一下您知道这里面的脚本把dicom转为nii格式的时候,是适用于所有的heart mri嘛,还是只适用于该作者使用的长短轴和心脏电影图像,因为我再用该脚本转换格式的时候,Experimental shMOLLI sequence images文件夹里面的很多zip并不能转换为nii格式。


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Janner125 avatar Apr 15 '24 02:04 Janner125

您好,我在下载了uk的2964返回数据集后,找到了标注数据,但是里面并没有CVI42的xml文件,请问这个解析标注数据的xml文件是您这边制作的,还是从uk下载的呢 请问您下载的2964返回数据集中哪个returned ID有这个github作者使用的数据集呀

Janner125 avatar Apr 15 '24 02:04 Janner125

您好,我在下载了uk的2964返回数据集后,找到了标注数据,但是里面并没有CVI42的xml文件,请问这个解析标注数据的xml文件是您这边制作的,还是从uk下载的呢

请问您下载的返回数据集就是csv表格麻 ,还是有5000多人的dicom原图和标注图像呀

Janner125 avatar Apr 18 '24 08:04 Janner125