Not obtaining significant GO hits in dataset

[jordlang01]

Hello, I'm having significant trouble obtaining significant GO BP hits using my protein list as background (from human neutrophils) and I'm unsure why. Regardless of the p value cutoff I use, I'm unable to obtain hits for my DEP list due to the adjusted p value for all of the GO terms being above 0.05. I also try using other adjusted methods but do not obtain any GO hits. How are the adjusted p-vales and q-values calculated? Is it simply that no hits are found in DEP using the entire list of proteins as universe? I provide a reproducible example of my code below highlighting the universe and DEP lists before running GO. Thanks.

library(org.Hs.eg.db)

library(clusterProfiler)

Background_genes<-c("101928527", "55236", "57488", "10994", "51594", "22898", "401409", "23019", "283234", "283871", "23347", "353514", "390916", "64005", "441864", "100423062", "8540", "3796", "10212", "9124", "4542", "8773", "10456", "9049", "9567", "3965", "6814", "5874", "8546", "3964", "4728", "5717", "5718", "5715", "10326", "475", "10857", "6829", "3092", "1192", "8665", "11060", "5293", "8050", "5768", "10671", "3843", "10284", "10059", "8634", "7940", "3475", "5296", "4126", "10640", "4697", "10213", "274", "4013", "6386", "9600", "10528", "1654", "8635", "2219", "3840", "10475", "5537", "4125", "7476", "8789", "8566", "8289", "23149", "9167", "4706", "11068", "11316", "8943", "9973", "1861", "27348", "9538", "9537", "317", "3613", "10005", "9141", "10419", "9368", "1200", "10915", "5688", "10067", "26873", "3437", "8825", "3551", "8520", "27089", "103910; 10627", "10975", "9146", "10311", "4659", "11001", "2580", "9987", "7514", "9919", "9895", "5198", "23243", "9826", "1147", "27257", "2533", "8560", "9522", "10066", "10095", "10109", "10094", "10282", "5359", "10424", "10471", "8443", "7739", "8310", "6836", "5603", "10558", "9517", "8473", "5373", "3149", "5496", "3636", "8664", "8667", "8778", "8417", "9123", "10652", "10092", "5433", "8837", "8653", "4097", "5170", "6892", "2867", "4210", "1665", "23140", "9128", "26227", "4724", "1783", "5709", "9061", "9183", "9092", "7041", "23262", "9521", "10236", "9129", "9352", "7165", "8867", "8672", "10465", "8972", "27429", "8574", "10618", "8913", "7456", "10636", "11342", "8562", "9051", "11260", "10591", "10469", "27095", "27243", "8440", "5356", "6001", "7756", "4709", "4695", "439", "9184", "27284", "81", "2954", "27336", "164", "9144", "6449", "2029", "788", "4677", "11051", "10314", "6801", "3420", "4898", "813", "10768", "7305", "4725", "5147", "5885", "9535", "9282", "5636", "2788", "8467", "9764", "9043", "23031", "4976", "23095", "23028", "10154", "2182", "8724", "9046", "10724", "10492", "51362", "8702", "2762", "7097", "1729", "9403", "10226", "3717", "23633", "7358", "6643", "8813", "8615", "63931", "10043", "5208", "28952", "11230", "1736", "9669", "8522", "8721", "1730", "10294", "23476", "51596", "5201", "6992", "2215", "102725035; 107987462", "22", "23380", "9909", "9948", "9683", "9475", "23122", "8895", "9810", "23317", "9749", "4849", "57017", "79017", "374291", "284422", "4720", "10016", "242", "6902", "9550", "9525", "9555", "6451", "2317", "4726", "1431", "9554", "55660", "4034", "10651", "9559", "4707", "11168", "10613", "4722", "10772", "3281", "10455", "8726", "8815", "23451", "7812", "8676", "8935", "9252", "23077", "8993", "10434", "8804", "23020", "261726", "5495", "11033", "9631", "6102", "8604", "10159", "10535", "8666", "8669", "5716", "8906", "10269", "1089", "3417", "10741", "10254", "10550", "8291", "10286", "11258", "22826", "10476", "10211", "10632", "1362", "54440", "10539", "9391", "8654", "6731", "8530", "7226", "23576", "9262", "9219", "6793", "9920", "9868", "9871", "23376", "9725", "26043", "11212", "11160", "24148", "285527", "23052", "23030", "10869", "161", "22872", "10144", "10614", "57466", "4712", "5412", "11337", "4710", "4714", "4701", "10791", "10313", "3954", "8987", "51747", "11101", "9217", "23557", "4718", "4705", "10659", "25796", "9060", "10592", "10533", "10579", "11313", "25816", "6840", "9530", "10598", "752", "9563", "10802", "10427", "8876", "8875", "65220", "92342", "23474", "2181", "10617", "8623", "5509", "9545", "9342", "9943", "9453", "22824", "9991", "11138", "160", "23586", "6780", "8436", "9448", "23417", "9946", "9131", "24139", "9630", "10380", "9415", "23564", "80739", "51060", "10261", "11165", "8915", "4716", "1209", "9189", "10452", "8799", "86", "3939", "216", "2746", "1719", "1727", "2936", "4513", "6647", "1356", "2162", "4860", "3251", "2806", "5230", "203", "3240", "1675", "5340", "5328", "100", "759", "760", "5265", "12", "2", "718", "7076", "1471", "1475", "4893", "3845", "7040", "3106", "3050", "3045", "4000", "6708", "7125", "335", "348", "336", "2243", "2244", "2266", "6521", "1401", "325", "735", "116844", "2335", "5004", "197", "7276", "213", "5473", "5196", "7037", "7018", "4057", "2512", "2495", "4509", "722", "7448", "847", "5894", "2629", "2517", "226", "1476", "301", "338", "6648", "4942", "1", "972", "3848", "7450", "2597", "435", "3105", "826", "3315", "1536", "6184", "6185", "2771", "2995", "476", "351", "383", "217", "3690", "3689", "6279", "3150", "5055", "292", "9636", "4353", "249", "1965", "3151", "3383", "6176", "6181", "6175", "6741", "3688", "5579", "7389", "2717", "2934", "5757", "983", "506", "6280", "6277", "1977", "2023", "5836", "2821", "4869", "7170", "3073", "2052", "1622", "3945", "2876", "5232", "5034", "3005", "97", "2242", "1509", "302", "2811", "823", "203068", "5644", "5660", "3074", "1514", "5216", "669", "353", "2058", "1508", "3320", "2592", "3183", "4067", "2271", "7057", "309", "6520", "2990", "3326", "6734", "440", "1991", "1511", "3145", "4311", "3674", "5160", "5341", "929", "1537", "5788", "6625", "3055", "2214", "7431", "6218", "2773", "308", "3868", "3921", "3570", "967", "6626", "2026", "3049", "30", "2950", "6631", "962", "3956", "5860", "3146", "2203", "2775", "6678", "2944", "7168", "1211", "1212", "307", "1267", "1738", "3178", "6627", "1512", "1345", "2268", "142", "3433", "3434", "240", "4048", "230", "720; 721", "6399", "6288", "445329; 6818", "3303; 3304", "801; 805; 808", "8209", "5552", "6738", "2548", "3107", "369", "3008", "1737", "7295", "1329", "5476", "4257", "5573", "2098", "3329", "1191", "1404", "3309", "951", "53", "3312", "6513", "6515", "2035", "7372", "5162", "3684", "5834", "5898", "5899", "6710", "3916", "34", "7150", "2539", "8266", "8288", "3482", "128", "5634", "26986", "5111", "3035", "293", "2153", "3615", "7175", "2212", "306", "593", "6037", "87", "4635", "6714", "2547", "7520", "1327", "8519", "2812", "10437", "3920", "6050", "1535", "1938", "3858", "9601", "5033", "634", "7178", "210", "5553", "3133", "3936", "5358", "327", "2108", "2997", "5576", "2027", "966", "6402", "4282", "5589", "3059", "2224", "1347", "10327", "5315", "7184", "6628", "3416", "2815", "4318", "1340", "5451", "3191", "1615", "7381", "673", "2752", "231", "290", "5880", "2935", "2683", "55", "7430", "7347", "7409", "4830", "2799", "5261", "411", "6187", "6118", "1350", "7077", "246", "960", "4835", "3014", "6403", "6693", "873", "286", "35", "1385", "2720", "5175", "5532", "4690", "3009", "3007", "5447", "2038", "4255", "488", "948", "5336", "2184", "3925", "7570", "4668", "3159", "2805", "671", "5578", "3673", "7343", "4713", "5566", "824", "1051", "1503", "1655", "5211", "2760", "1378", "3958", "6688", "5702", "6950", "5770", "239", "6165", "378", "6129", "7414", "3929", "5786", "9", "3557", "6651", "7936", "6139", "5223", "1104", "522", "7515", "965", "4691", "3098", "5432", "5434", "4729", "7132", "6737", "5610", "6723", "5005", "1459", "26", "4790", "4688", "1890", "490", "8894", "6947", "310", "945", "566", "241", "5867", "5868", "4437", "4599", "4600", "5689", "9377", "4001", "3683", "3687", "2999", "825", "831", "3614", "175", "5763", "984", "2947", "526", "528", "1465", "2316", "48", "2357", "728", "7416", "6390", "928", "1312", "7052", "5007", "5110", "2091", "2618", "10606", "6342", "7317", "4831; 654364", "7391", "3181", "867", "5567", "7385", "6518", "762", "4317", "1066", "6917", "5742", "3655", "6421", "7283", "3792", "5479", "4200", "7453", "6188", "2653", "3716", "5791", "6672", "4800", "191", "1072", "1975", "474383; 474384; 8263", "493", "1606", "1376", "1841", "2204", "5657", "1121", "1933", "515", "6916", "52", "38", "10398", "5430", "1017", "2358", "156", "4172", "4357", "6206", "355", "7528", "3337", "498", "1520", "5682", "5683", "5684", "5685", "6286", "5806", "4478", "1656", "11338", "6137", "3284", "3712", "6275", "4245", "3148", "5725", "6897", "7407", "1937", "2286", "2040", "4129", "10971", "5595", "4140", "6134", "6117", "328", "1633", "790", "811", "4134", "821", "5199", "7850", "5295", "5696", "5698", "5686", "5692", "5694", "5693", "2946", "5825", "7111", "4719", "5424", "5594", "25801", "51056", "7174", "3612", "1969", "5777", "6464", "4350", "7086", "834", "5937", "5371", "1936", "4082", "358", "8659", "10961", "9588", "645", "25824", "1652", "2644", "10935", "513", "6136", "1892", "51727", "5037", "2923", "5518", "5519", "2207", "10105", "4836", "3134", "3163", "159", "4043", "706", "158", "5313", "6249", "6717", "1992", "5431", "6389", "11151", "2664", "4144", "5577", "7072", "3301", "207", "208", "7384", "11112", "471", "3189", "3187", "7529", "10963", "6282", "1088", "7001", "409", "978", "2633", "2634", "3385", "6133", "2180", "3799", "1478", "4046", "1854", "4173", "4174", "4176", "6470", "6472", "2124", "3305", "3308", "4351", "5245", "5778", "5269", "5962", "6119", "5984", "5982", "6146", "2962", "3857", "2645", "178", "4627", "9276", "118", "119", "682", "2521", "8021", "7913", "4629", "2745", "5494", "3849", "3155", "5701", "1116", "403", "5605", "509", "529", "1371", "6124", "4521", "9361", "5236", "5501", "7046", "1743", "2766", "2879", "6727", "23636", "3241", "8407", "6888", "6622", "2109", "27316", "523", "3313", "9775", "6223", "6122", "1650", "8125", "2237", "822", "10486", "2814", "4680", "200081", "908", "4837", "5699", "23521", "400", "6774", "9101", "4190", "4191", "3030", "1968", "2120", "4332", "8896", "7318", "8260", "8242", "5504", "1445", "2617", "3376", "2352", "10209", "10120", "1632", "7112", "7112", "6772", "6778", "23517", "9938", "2060", "836", "6232", "10128", "10449", "11224", "7454", "5547", "1889", "5048", "1384", "9782", "2870", "2820", "6745", "221", "6850", "5902", "10135", "5704", "7417", "23468", "8078", "5601", "4288", "5256", "5905", "5965", "1399", "7917", "4905", "5606", "79184", "6157", "6125", "6144", "6158", "6203", "6193", "6204", "4131", "10007", "4734", "7402", "8826", "2992", "3703", "5877", "5321", "830", "832", "1964", "5859", "6159", "7386", "539", "3987", "5550", "5305", "372", "4047", "2729", "2730", "5714", "5273", "7916", "2937", "22948", "6782", "1452", "1453", "3418", "5294", "23760", "6508", "976", "65108", "5829", "7182", "9261", "223", "6164", "22934", "3998", "4678", "2194", "2339", "7203", "408", "7284", "3628", "6726", "7319", "5130", "16", "833", "23438", "6301", "9647", "5558", "837", "10664", "5691", "5690", "4171", "37", "56252", "27072", "10972", "58517", "8650", "3094", "9972", "5903", "10287", "4723", "22978", "22929", "820", "10588", "8833", "3980", "4361", "953", "2776", "2790", "3419", "6817", "2665", "2010", "1374", "5271", "5272", "871", "6767", "7408", "1785", "318", "9770", "1025", "987", "5538", "9045", "10694", "10575", "311", "10914", "8087", "9513", "5878", "7879", "9367", "5872", "5873", "5333", "1845", "6595", "6597", "2584", "6748", "10134", "5023", "7172", "5973", "4204", "3054", "224", "3295", "5713", "6777", "6845", "6197", "660", "3068", "4702", "220988", "5226", "4670", "22916", "5910", "396", "397", "3267", "3185", "6611", "3099", "3101", "6182", "7064", "829", "4928", "644", "6576", "5536", "27236", "4682", "47", "23173", "8802", "5229", "1315", "1314", "1075", "1175", "754", "9798", "9632", "10923", "10321", "5917", "4287", "8565", "9097", "5571", "483", "5886", "5887", "2581", "204", "5832", "8775", "199", "1983", "1819", "5360", "1434", "7009", "7415", "4236", "3032", "7873", "3071", "8178", "4673", "839", "132", "103", "1032", "7163", "6396", "4809", "9520", "3188", "5019", "6612", "8662", "2217", "637", "9551", "4141", "8905", "9556", "521", "3692", "4700", "79585", "57122", "79792", "60678", "118429", "136319", "1667; 728358", "54331", "10093", "7167", "3646", "10952", "5728", "5531", "11345", "4637", "60", "1973", "6224", "5631", "5687", "6281", "998", "11034", "2764", "4218", "60559", "6729", "53916", "5862", "5869", "10890", "7323", "9040", "3093", "7334", "51552", "10096", "10097", "10121", "9318", "377", "6059", "5908", "5912", "4149", "6189", "6154", "10197", "6138", "4116", "6155", "9114", "5092", "387", "3336", "4069", "7411", "567", "10577", "22818", "6613", "51569", "11091", "1174", "10204", "3190", "7532", "26519", "6201", "5499", "5500", "5700", "5705", "6202", "6210", "6217", "7328", "7531", "6208", "6228", "6222", "6235", "6207", "6205", "6636", "11157", "6632", "6633", "6634", "7114", "382", "5706", "6130", "2107", "6191", "5516", "6147", "6194", "121504; 554313; 8294; 8359; 8360; 8361; 8362; 8363; 8364; 8365; 8366; 8367; 8368; 8370", "5861", "5901", "5906", "6209", "6229", "6230", "6231", "6234", "2782", "2783", "6156", "6160", "4736", "6161", "6135", "6132", "5478", "2280", "7311", "2885", "6434", "163", "5534", "7534", "7320", "5520", "7341", "8655", "6993", "6169", "6500", "2787", "6227", "1984", "10399", "7329", "9168", "5515", "4904", "23478", "1460", "7171", "70", "7332", "1915", "58", "7277", "10383", "1457", "5049", "3043", "3048", "3039; 3040", "6452", "3476", "140885", "101", "1982", "2969", "8396", "6733", "10576", "4973", "8480", "9446", "5591", "8738", "3934", "3430", "4925", "6283", "10409", "92259", "84324", "114294", "6152", "10951", "381", "2079", "391", "6143", "6428", "3020; 3021", "221937", "221960; 51622", "7130", "393", "5935", "23250", "54205", "4354", "7019", "5306", "5250", "3069", "2959", "1020", "5813", "1213", "4791", "2287", "5330", "7905", "6652", "3192", "10379", "6711", "7073", "6418", "6427", "2585", "272", "271", "1486", "2171", "10487", "2313", "1810", "5214", "2130", "6668", "4967", "4329", "622", "6142", "5604", "2288", "5351", "4924", "6128", "7155", "8402", "7127", "84823", "4598", "6890", "5970", "2632", "1981", "7090", "2739", "1645", "6742", "5966", "7533", "5355", "1477", "5782", "1178", "3991", "9295", "5580", "800", "6041", "5781", "695", "2673", "5720", "3516", "2551", "2332", "5052", "6141", "708", "10970", "10657", "581", "3831", "6426", "392", "6429", "5530", "1660", "1429", "2802", "3959", "4051", "2039", "5144", "8226", "961", "5481", "6749", "5934", "55697", "100049587", "54888", "5928", "4686", "4249", "79026", "55911", "389541", "91624", "4247", "2590", "2589", "162", "683", "23203", "9805", "9897", "23279", "444", "7024", "11214", "6598", "6810", "5871", "10946", "1806", "9255", "3608", "3609", "10960", "4033", "5795", "10131", "1739", "6881", "5511", "8073", "29", "663", "1479", "1891", "6789", "2314", "80347", "4671", "3937", "2873", "7375", "4507", "5562", "8500", "23435", "10949", "5058", "7965", "8772", "10549", "5598", "5062", "11335", "6788", "6811", "5708", "22915", "1662", "5611", "8991", "1118", "8683", "6431", "10155", "6809", "10146", "9111", "8514", "8761", "472", "24138", "8668", "1487", "5337", "387522; 7335", "740", "1781", "3611", "10320", "23530", "6645", "7518", "9360", "10992", "10956", "11333", "2289", "4650", "6093", "10312", "8301", "8878", "427", "5300", "1978", "1979", "8737", "3065", "818", "10540", "8883", "3705", "8525", "10788", "6786", "29896", "6642", "8776", "8454", "8453", "8452", "8451", "8450", "1859", "7264", "11031", "10981", "2273", "7841", "4666", "8563", "6709", "7919", "642", "6641", "7280", "3422", "1523", "865", "4802", "5592", "3603", "9793", "1153", "23406", "10063", "9363", "3184", "3606", "9354", "23157", "23515", "9667", "8661", "8874", "9898", "9815", "9761", "23170", "1809", "1639", "1778", "1967", "1974", "6404", "2017", "2319", "7706", "2185", "10875", "2318", "23770", "9130", "2483", "10672", "2582", "2591", "4076", "3280", "9584", "4739", "10954", "5635", "4175", "3709", "22821", "5357", "9320", "9685", "8243", "23184", "23193", "5528", "3930", "9961", "4052", "841", "1108", "3927", "22949", "10589", "27332", "3837", "4926", "23198", "7871", "26130", "137886", "23397", "9789", "9694", "9589", "9861", "23172", "4735", "9733", "23016", "10318", "9744", "9343", "23395", "9784", "22930", "3735", "9459", "9674", "7458", "23527", "8019", "51", "8411", "4689", "10130", "5050", "5165", "10654", "5339", "5525", "5464", "10728", "11329", "4841", "5524", "5922", "11021", "10921", "10928", "6196", "10959", "5093", "5094", "6921", "6923", "6009", "9690", "9804", "23450", "7096", "6251", "1266", "6195", "6294", "10262", "8175", "5510", "10484", "10483", "9267", "10291", "6499", "6834", "7014", "10982", "8717", "7247", "7536", "9319", "9324", "22919", "1994", "1241", "50814", "4665", "1053", "4638", "10454", "10953", "4087", "6903", "7336", "6813", "9341", "4738", "537", "9230", "7791", "989", "8030", "6675", "5711", "5585", "1642", "1432", "11140", "1808", "5931", "2395", "4778", "6432", "11052", "1627", "7867", "10716", "4899", "3428", "1666", "4698", "7357", "8192", "7263", "25797", "3029", "8338", "8349", "4704", "7378", "3033", "7360", "9296", "5210", "7296", "10989", "221092", "64423", "23244", "23274", "22848", "23325", "55720", "57186", "285148", "55234", "9208", "256364", "55700", "91373", "26007", "83693", "55684", "92609", "54625", "84656", "112936", "51574", "26000", "196527", "23007", "56850", "131076", "283742", "27250", "84803", "9540", "51144", "10713", "55750", "51110", "65263", "55843", "150786", "64342", "79901", "124997", "345651", "54520", "129607", "114769", "26091", "55291", "91351", "340527", "130502", "283820", "375056", "10531", "54521", "139818", "89846", "26092", "27433", "2778", "54809", "160364", "440689", "55020", "120892", "259215", "50809", "54874", "23307", "200205", "79654", "23352", "134957", "84267", "83858", "440603", "79627", "84301", "9473", "221294", "10326", "55275", "85369", "23248", "64757", "55119", "56254", "55432", "148362", "127018", "79670", "118932", "10325", "63891", "57674", "133584", "23061", "55201", "55844", "23108", "79689", "65123", "55114", "55280", "25962", "127943", "126208", "25923", "55784", "391356", "80145", "55191", "55004", "11344", "23151", "23313", "128989", "92241", "25836", "79612", "29957", "26275", "23210", "170954", "64167", "54862", "23644", "10594", "55681", "79887", "81889", "79626", "23042", "80789", "133418", "283209", "9646", "9652", "55157", "57552", "23367", "283578", "206338", "282991", "54812", "57404", "374882", "283897", "90678", "253558", "10562", "284415", "79174", "80335", "55690", "80223", "93100", "26058", "84263", "56267", "129285", "161176", "23218", "147991", "353189", "374872", "57705", "23370", "118788", "201176", "54832", "201294", "121457", "7846", "94239", "51065", "203859", "85464", "6830", "27044", "2011", "9879", "9689", "51167", "80150", "10480", "23191", "79930", "51608", "10980", "54947", "55556", "92815", "57551", "80820", "92597", "10235", "197358", "84844", "56829", "60684", "53371", "80017", "57020", "57506", "23332", "26020", "51020", "143888", "387263", "84717", "51181", "51125", "54518", "257106", "401258", "10075", "253943", "54899", "222068", "374395", "51218", "122553", "79817", "23216", "91039", "58497", "84193", "641371", "8106", "55193", "92140", "3895", "79776", "79671", "83706", "65985", "10189", "145553", "51028", "55832", "84376", "149951", "79228", "28962", "283349", "55246", "340061", "10498", "4817", "11325", "222487", "143384", "23673", "54815", "339122", "9847", "120425", "64926", "79803", "57118", "317772", "51379", "126003", "25852", "85007", "374403", "51231", "219285", "85450", "57590", "55852", "9648", "339487", "10523", "55293", "55749", "199675", "89941", "55288", "124944", "11270", "83666", "389677", "10908", "55601", "125950", "201931", "10250", "149371", "84958", "10346", "90231", "126014", "221154", "88455", "255520", "126133", "54464", "10006", "23001", "23111", "283635", "11027", "57805", "6293", "9688", "57470", "201266", "26173", "84514", "23171", "54978", "126364", "93663", "254102", "10735", "55529", "374659", "55074", "79576", "10044", "55793", "493856", "84522", "317649", "150684", "79869", "11026", "55454", "51633", "57126", "55738", "23065", "54623", "115004", "91526", "91298", "255252", "89849", "253461", "197259", "347862", "374354", "79709", "25870", "112724", "51170", "81567", "51097", "26135", "221496", "25977", "64419", "221955", "84926", "26065", "155038", "219771", "79716", "23550", "23", "90550", "5289", "55198", "137492", "79888", "81704", "23345", "84669", "129401", "9185", "163590", "100131187", "55907", "79155", "81619", "258010", "158747", "57696", "23424", "54536", "136647", "6601", "55666", "159013", "79890", "9039", "145773", "79837", "93587", "64786", "404636", "201595", "84888", "81502", "57580", "23299", "91754", "131450", "80301", "151636", "115727", "63915", "84153", "132789", "140609", "64780", "1767", "54961", "80344", "23225", "51735", "79711", "9989", "83657", "84959", "51099", "64744", "55854", "83989", "9392", "114971", "55746", "10015", "55845", "9274", "134492", "10274", "23256", "51112", "92906", "84188", "134510", "57092", "55466", "283377", "11273", "64411", "26034", "83593", "26121", "25920", "55269", "91543", "23224", "338339", "23234", "56259", "84328", "1653", "7922", "8971", "10693", "9491", "9663", "23385", "9777", "9844", "8503", "1176", "23190", "10397", "10808", "9926", "1794", "9779", "399687", "10985", "23526", "9785", "23165", "23294", "10026", "6653", "4900", "10541", "5875", "5546", "10342", "6262", "10552", "3886", "3066", "8027", "1387", "8189", "8148", "8836", "3635", "10521", "10010", "10111", "10658", "26578", "9138", "7353", "5976", "10987", "6603", "51762", "8570", "6016", "3842", "9181", "4814", "8239", "7874", "9398", "8065", "535", "489", "5257", "85012", "6605", "56005", "118426", "81555", "140739", "116447", "6166", "53917", "23558", "56926", "64114", "57222", "94274", "57003", "94056", "60412", "79763", "123803", "8880", "55379", "90952", "57326", "6120", "65082", "326624", "3669", "119032", "100188893", "30011", "127829", "54997", "9317", "126308", "55619", "79180", "130589", "94121", "28960", "26472", "51015", "79571", "114984", "57655", "115106", "115098", "1173", "115207", "85021", "84329", "131118", "51115", "131870", "9410", "29919", "494115", "26610", "81929", "57215", "84498", "55072", "26528", "54557", "112869", "29071", "9093", "26999", "29982", "23765", "140735", "221184", "6494", "55611", "79643", "55276", "29956", "57026", "54165", "64755", "51074", "11267", "55839", "10611", "30001", "57572", "65992", "8801", "29926", "84836", "84833", "55285", "83737", "94160", "80279", "23339", "80124", "63916", "283489", "64236", "55031", "64215", "57410", "55770", "55748", "51663", "81609", "89790", "115817", "133619", "121512", "84450", "132160", "79143", "118980", "92591", "84317", "116985", "55705", "4253", "84693", "100526737; 10432", "115362", "115361", "9444", "83696", "51095", "9585", "5514", "66036", "84106", "55737", "23214", "116362", "112574", "51586", "85476", "56922", "10645", "55914", "23048", "112858", "94005", "10048", "91663", "84687", "6732", "55677", "25942", "114883", "81556", "84890", "80230", "11284", "1441", "26292", "9266", "1155", "5695", "1265", "7095", "5833", "988", "5707", "116986", "11315", "6272", "10493", "4927", "30849", "7257", "22928", "8663", "7265", "7266", "11331", "10920", "11261", "4217", "11343", "1130", "1796", "3028", "5413", "3182", "4676", "8774", "4215", "50", "9375", "7251", "10519", "8904", "10574", "4615", "1820", "3276", "8340", "26469", "6455", "7443", "8508", "64151", "81873", "10367", "79020", "51247", "79009", "79415", "84790", "23780", "57175", "84817", "55313", "84313", "80227", "84305", "83440", "64333", "84300", "80143", "53918", "23071", "56925", "55032", "84284", "10844", "23344", "10422", "79042", "10695", "56052", "80774", "84262", "51138", "79892", "81611", "79188", "51236", "54797", "84617", "286257", "11100", "11235", "10553", "9416", "79135", "84245", "57418", "8673", "79073", "51260", "54935", "54732", "9818", "79902", "11020", "39", "65991", "83443", "66005", "22950", "54676", "84681", "84674", "114885", "80896", "83862", "80155", "56996", "51593", "8907", "84520", "114876", "84658", "3704", "51507", "83939", "55825", "64064", "2530", "65008", "57486", "79058", "114882", "55717", "51340", "79718", "59286", "54776", "116496", "8539", "22861", "84661", "89122", "63893", "80856", "54976", "57095", "57062", "80349", "81892", "54583", "7462", "80218", "79876", "64077", "81570", "83452", "83641", "54939", "83716", "80895", "22803", "54472", "64761", "23283", "84084", "84105", "51251", "81553", "84061", "81876", "28970", "51108", "56255", "63971", "9885", "9474", "30844", "26276", "64601", "55823", "83442", "11078", "9748", "53938", "83938", "51347", "25782", "170506", "27068", "5411", "54504", "83638", "27069", "552900; 654483", "10628", "81542", "7469", "64746", "64218", "25930", "55898", "80331", "128866", "51389", "64080", "64122", "23509", "65125", "6051", "64083", "64174", "81027", "50619", "152007", "10938", "28984", "63935", "85365", "84191", "54828", "8498", "79077", "28971", "80005", "64115", "89853", "28976", "25840", "79666", "26003", "90861", "9050", "79624", "25904", "55631", "94081", "63894", "79720", "81617", "79672", "79587", "79717", "64149", "54477", "26019", "59345", "80273", "60314", "59339", "59342", "3431", "27101", "64121", "53349", "54509", "64098", "29780", "27436", "51031", "64087", "192670", "51206", "23753", "56949", "10113", "10011", "57130", "57129", "56889", "56729", "57136", "26286", "22931", "51534", "51209", "54210", "56851", "64386", "56943", "56261", "55505", "55644", "55929", "50507", "58484", "60626", "22918", "54585", "57091", "57103", "57142", "1540", "135114", "58490", "5203", "56954", "23303", "7511", "55930", "9260", "55902", "56616", "9188", "54187", "56904", "8891", "4154", "51311", "26503", "26270", "56948", "11177", "29888", "60496", "29907", "50865", "51560", "27350", "29085", "58493", "10827", "64407", "56993", "55915", "3888", "10056", "55699", "64092", "64422", "23047", "10051", "22908", "29789", "51076", "55862", "10137", "55347", "55788", "51571", "54491", "55303", "55773", "55301", "55763", "55754", "55752", "55229", "54662", "25896", "55210", "55207", "26127", "55163", "51390", "55707", "55129", "55696", "55082", "79811", "55824", "55010", "54994", "54987", "29086", "51135", "55651", "54940", "54936", "54927", "23408", "54438", "54893", "55627", "55623", "54863", "54834", "54820", "55602", "54433", "23601", "151987", "10072", "54386", "9774", "51304", "54148", "29766", "28511", "56886", "9524", "51752", "55860", "55847", "23163", "53405", "23196", "51228", "51327", "51324", "11163", "51816", "27430", "26509", "50618", "30845", "11054", "51510", "29087", "51079", "54704", "9218", "55506", "51291", "58527", "51542", "57617", "55920", "57609", "51765", "6238", "51520", "54439", "51479", "8803", "51292", "7405", "8932", "58513", "10055", "26958", "23412", "9070", "1717", "10013", "51699", "27335", "9380", "1522", "51726", "10054", "6400", "553115", "51411", "50813", "1468", "8427", "29796", "1616", "10490", "27347", "120", "25934", "8545", "26136", "11231", "57446", "23075", "25777", "8649", "6730", "26973", "29110", "10801", "29978", "51449", "29952", "23670", "29761", "55973", "51706", "5202", "22827", "30817", "29959", "58478", "51466", "55967", "51606", "51504", "27128", "23039", "51451", "738", "9031", "93974", "50808", "23604", "4012", "27342", "4482", "55577", "51605", "83699", "113000", "10165", "28988", "29942", "51428", "51164", "26088", "30968", "51690", "51155", "26060", "143", "11164", "58488", "22913", "27034", "22985", "27161", "10451", "10762", "55573", "9529", "26523", "23011", "51693", "5721", "9344", "23549", "28985", "51703", "50807", "57465", "57458", "25831", "23613", "23603", "25837", "29108", "54499", "23569", "54749", "11269", "27247", "27339", "29979", "29937", "29934", "27071", "27183", "23092", "11252", "58533", "6747", "5719", "11124", "10450", "8533", "11158", "55968", "28974", "23499", "22870", "51592", "23228", "23265", "23211", "23358", "23102", "23287", "23405", "8036", "23524", "5036", "9126", "25978", "9107", "51637", "80342", "10856", "5303", "10855", "1120", "51386", "9373", "8607", "10726", "617", "7419", "51614", "2193", "9445", "4733", "51399", "10330", "22900", "23200", "22839", "23012", "22884", "11240", "22894", "22878", "23150", "10396", "373156", "28956", "28958", "26191", "51373", "51084", "51372", "26985", "23592", "23589", "9967", "51602", "10394", "10910", "51005", "23597", "51071", "51072", "57819", "27180", "51100", "51719", "51631", "51465", "51635", "25843", "51119", "50999", "100302736; 51014", "51639", "25996", "51019", "51645", "51506", "51647", "51024", "51649", "51026", "11171", "51493", "23616", "57826", "81628", "9980", "26097", "25939", "7094", "23002", "253725", "9958", "9750", "83660", "4644", "202", "10525", "26100", "10939", "25820", "25804", "29928", "9150", "11198", "26520", "51377", "23607", "51382", "23534", "26517", "58477", "10087", "29925", "58485", "51393", "9939", "57231", "29916", "27131", "23593", "9209", "29109", "11213", "29968", "27020", "29880", "22820", "25932", "10460", "28972", "51128", "23788", "10565", "8428", "51397", "51143", "29924", "9960", "10390", "4940", "8517", "1456", "4715", "58472", "27445", "10163", "22875", "10625", "11196")

DEP<-c("23397", "29907", "84522", "57465", "6182", "147991", "1662", "5424", "90678", "100131187", "3324", "5538", "5657", "5644", "81617", "3281", "4013", "317772", "2771")

test<-clusterProfiler::enrichGO( gene = DEP, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "BP", keyType = "ENTREZID", universe = Background_genes, pAdjustMethod = "fdr", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, readable = T)

head(test)

View(test)

session_info version R version 4.1.2 (2021-11-01) os macOS Monterey 12.3.1 system x86_64, darwin17.0 ui RStudio language (EN) collate en_US.UTF-8 ctype en_US.UTF-8 tz America/New_York date 2022-05-22 rstudio 2022.02.0+443 Prairie Trillium (desktop) pandoc 2.17.1.1 @ /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/quarto/bin/ (via rmarkdown)