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chr labels order problem

Open MooreZhu opened this issue 1 year ago • 3 comments

您好,师兄!我在绘制密度图的时候有2个问题, 1、我的染色体中有一些是scaffold,我设置了因子,但是他们在图上的显示是sca1、sca10,而不是按数字排序sca1、sca2,这个在CMplot包中可以设置么,或者您有推荐的解决方案么 2、绘图时染色体编号前会加上Chr,但是我的scaffold不想加这个标签,有办法设置么 谢谢师兄! 微信截图_20240807091756

MooreZhu avatar Aug 07 '24 01:08 MooreZhu

  1. 可以在画图之前把染色体编号替换成纯数字,然后把真实的labels向量传给参数chr.labels
  2. 默认自动添加chr,你可以把源码下载下来,把L462中的paste("Chr", chr.num, sep="")改成chr.num,本地source使用即可

YinLiLin avatar Aug 08 '24 02:08 YinLiLin

您好,师兄!我在作单独的一条染色体的曼哈顿图时,我的染色体号应该是5A(物种是小麦),但是这里却显示成了chr.1,这是为什么呢?其他的染色体似乎也有相同的问题?请问您有解决方案么? 谢谢师兄! 微信截图_20240919194048

MooreZhu avatar Sep 19 '24 11:09 MooreZhu

方便把你的数据和运行代码发给我调试看看吗?

YinLiLin avatar Sep 23 '24 08:09 YinLiLin