CMplot
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chr labels order problem
您好,师兄!我在绘制密度图的时候有2个问题,
1、我的染色体中有一些是scaffold,我设置了因子,但是他们在图上的显示是sca1、sca10,而不是按数字排序sca1、sca2,这个在CMplot包中可以设置么,或者您有推荐的解决方案么
2、绘图时染色体编号前会加上Chr,但是我的scaffold不想加这个标签,有办法设置么
谢谢师兄!
- 可以在画图之前把染色体编号替换成纯数字,然后把真实的labels向量传给参数chr.labels
- 默认自动添加chr,你可以把源码下载下来,把L462中的paste("Chr", chr.num, sep="")改成chr.num,本地source使用即可
您好,师兄!我在作单独的一条染色体的曼哈顿图时,我的染色体号应该是5A(物种是小麦),但是这里却显示成了chr.1,这是为什么呢?其他的染色体似乎也有相同的问题?请问您有解决方案么?
谢谢师兄!
方便把你的数据和运行代码发给我调试看看吗?