MendelRookie

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运行5_do_MR2.R 报错：Error in file(file, "rt") : 无法打开链结

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报错如下： ``` > setwd(MR_DIR); cat("当前工作目录：", getwd()) 当前工作目录： F:/0. MR_Project/03_MR_Basic/AhR(eqtl-a-ENSG00000106546)→DVT(ebi-a-GCST90038615)/5_do_MR> result_file pFilter > draw_forest_map

xgxofdream

运行5_do_MR1.R 报错：Error in eval(e, x, parent.frame()) : 找不到对象'mr_keep'

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报错： ``` 当前工作目录： F:/0. MR_Project/03_MR_Basic/AhR(eqtl-a-ENSG00000106546)→DVT(ebi-a-GCST90038615)/5_do_MR> > library(`TwoSampleMR`) > > exposure_csv_file outcome_file > > # ---读取整理好的暴露数据 > exposure_data > # ---读取结局数据 > outcome_data > # ---筛选结局数据中，与工具变量相交集的部分，并输出到文件 > outcome_table write.csv(outcome_table[, -(2:ncol(exposure_data))], file...

xgxofdream

运行4_remove_confounder.R，报错： ``` Error in .look_trait.default(rsids, pval = pval, out_file = out_file) : 找不到对象'association_data' ``` 加入： ``` library(FastDownloader) library(FastTraitR) ``` 成功运行

xgxofdream

2_linkage_disequilibrium_analysis报错没有"get_plink_exe"这个函数`

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运行 2_linkage_disequilibrium_analysis，报错： `Clumping q7JdGx, 995 variants, using EUR population reference Error in get_plink_exe() : 没有"get_plink_exe"这个函数` 加入： `library(plinkbinr)` 成功运行2_linkage_disequilibrium_analysis.R

xgxofdream

关于remove_confounder，如果不剔除混杂因素

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大佬，您之前那篇网页教程写的可以不剔除混杂因素。 在您现在这个代码中我跳过了“# ----👇手动整理混杂因素列表----”这一步， 一开始查找的rs有455个， 跳过后执行“# ---比较并剔除包含在文本文件中的短语的 SNP，并保存到文件”。 最后只生成了一份277个SNP的"exposure.confounder.csv"。 我已经确保了"#confounder_SNPs.txt"这个文件为空。这是为什么呢？  

A-Ben-Mao

仅仅pval小于0.00099的SNPs被提取出来 by 0_1data_formating.R中的MungeSumstats::format_sumstats

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再想请教下你，我发现格式化后的文件只有p小于0.00099的数据。请问是这个format_sumstats()某个内置条件导致的吗，可以设置吗？ 

xgxofdream