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2 weeks ago
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RosettaCommons
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Error message for missing component files is sub-optimal
If you have a path entry in a json setup file for a CIF file (e.g. as with 7o1r_from_json.json ), and you misspell the filename or otherwise don't have the CIF file in the proper path, you get a voluminous set of traceback outputs. There is a useful error message in there, but unfortunately it's buried. (The message is followed by a "The above exception was the direct cause of the following exception" traceback, so finding the actual error message is difficult.)
python3.12/site-packages/biotite/structure/io/pdbx/cif.py:866 in read │
│ │
│ 863 │ │ """ ╭─────────── locals ───────────╮ │
│ 864 │ │ # File name │ file = PosixPath('NAGG.cif') │ │
│ 865 │ │ if is_open_compatible(file): ╰──────────────────────────────╯ │
│ ❱ 866 │ │ │ with open(file, "r") as f: │
│ 867 │ │ │ │ text = f.read() │
│ 868 │ │ # File object │
│ 869 │ │ else: │
╰─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'NAGG.cif'
The above exception was the direct cause of the following exception:
... many, many lines of traceback ...
python3.12/site-packages/hydra/_internal/instantiate/_instantiate2.py:97 in _call_target │
│ │
│ 94 │ │ │ msg = f"Error in call to target '{_convert_target_to_string(_target_)}':\n{r ╭───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮ │
│ 95 │ │ │ if full_key: │ _partial_ = False │ │
│ 96 │ │ │ │ msg += f"\nfull_key: {full_key}" │ args = () │ │
│ ❱ 97 │ │ │ raise InstantiationException(msg) from e │ full_key = '' │ │
│ 98 │ kwargs = {'ckpt_path': 'rf3_latest.pt', 'inputs': '7o1r.json', 'out_dir': './', 'num_nodes': 1, 'devices_per_node': 1, 'n_recycles': 10, 'diffusion_batch_size': 5, 'num_steps': 50, 'solver': 'af3', 'early_stopping_plddt_threshold': 0.5, ... +13} │ │
│ 99 │ msg = "Error in call to target 'modelhub.inference_engines.rf3.RF3InferenceEngine':\nFil"+46 │ │
│ 100 def _convert_target_to_string(t: Any) -> Any: │ v = PosixPath('/tmp/tmpwk4yxdcm') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
InstantiationException: Error in call to target 'modelhub.inference_engines.rf3.RF3InferenceEngine':
FileNotFoundError(2, 'No such file or directory')
It looks like a missing/misspelled SDF file avoids the issue, putting the "the file is missing" error message directly at the end of the output:
python3.12/site-packages/atomworks/io/tools/rdkit.py:469 in sdf_to_rdkit │
│ │
│ 466 │ │ - TypeError: If the input is neither a StringIO buffer nor a valid path ╭──────────── locals ─────────────╮ │
│ 467 │ """ │ sanitize = True │ │
│ 468 │ if isinstance(sdf_path_or_buffer, str | PathLike): │ sdf_path_or_buffer = 'HEMM.sdf' │ │
│ ❱ 469 │ │ supplier = Chem.SDMolSupplier(str(sdf_path_or_buffer), sanitize=sanitize) ╰─────────────────────────────────╯ │
│ 470 │ elif isinstance(sdf_path_or_buffer, io.StringIO): │
│ 471 │ │ supplier = Chem.SDMolSupplier(sdf_path_or_buffer, sanitize=sanitize) │
│ 472 │ else: │
╰─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
OSError: File error: Bad input file HEMM.sdf
... many, many lines of traceback ...
python3.12/site-packages/hydra/_internal/instantiate/_instantiate2.py:97 in _call_target │
│ │
│ 94 │ │ │ msg = f"Error in call to target '{_convert_target_to_string(_target_)}':\n{r ╭───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮ │
│ 95 │ │ │ if full_key: │ _partial_ = False │ │
│ 96 │ │ │ │ msg += f"\nfull_key: {full_key}" │ args = () │ │
│ ❱ 97 │ │ │ raise InstantiationException(msg) from e │ full_key = '' │ │
│ 98 │ kwargs = {'ckpt_path': 'rf3_latest.pt', 'inputs': '7o1r.json', 'out_dir': './', 'num_nodes': 1, 'devices_per_node': 1, 'n_recycles': 10, 'diffusion_batch_size': 5, 'num_steps': 50, 'solver': 'af3', 'early_stopping_plddt_threshold': 0.5, ... +13} │ │
│ 99 │ msg = "Error in call to target 'modelhub.inference_engines.rf3.RF3InferenceEngine':\nOSE"+43 │ │
│ 100 def _convert_target_to_string(t: Any) -> Any: │ v = PosixPath('/tmp/tmppf7cjbmq') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
InstantiationException: Error in call to target 'modelhub.inference_engines.rf3.RF3InferenceEngine':
OSError('File error: Bad input file HEMM.sdf')
Ideally a missing CIF file should have similar useful error reporting as a missing SDF file.
