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Datos vigilancia genómica (variantes)

Open adinamarca opened this issue 3 years ago • 4 comments

Hola estimad@s,

Tengo una pequeña sugerencia, y tiene relación con añadir datos de vigilancia genómica o variantes a nivel nacional, y segregarlos de forma regional de ser posible.

He estado indagando, y existen informes por parte del Minsal, apoyados por el Min. Ciencia, en concreto, en este enlace.

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¿Es posible agregar estos datos al presente repo? Si bien, es enorme la cantidad de datos que ya de por sí se manejan, sería genial poder contar con los mencionados.

Desde ya, muchas gracias por su enorme contribución y trabajo en democratización de datos.

Saludos.

adinamarca avatar Sep 01 '21 00:09 adinamarca

Hola, estamos trabajando en integrar estas fuentes, cualquier ayuda es bienvenida.

https://raw.githubusercontent.com/hodcroftlab/covariants/master/web/data/perCountryData.json https://raw.githubusercontent.com/hodcroftlab/covariants/master/web/data/perClusterData.json

MinCiencia avatar Nov 28 '21 15:11 MinCiencia

Hola, estamos trabajando en integrar estas fuentes, cualquier ayuda es bienvenida.

https://raw.githubusercontent.com/hodcroftlab/covariants/master/web/data/perCountryData.json https://raw.githubusercontent.com/hodcroftlab/covariants/master/web/data/perClusterData.json

¡Hola! @MinCiencia @dna33 Acabo de incorporar dichos datos en el siguiente vínculo. Están filtrados nacionalmente y se actualizan aprox. 3-4 veces al día (por lo que, en caso de existir actualización desde la fuente, el .csv se mantendrá actualizado también). Realicé un pequeño notebook aquí en relación al filtro de datos.

Ojalá pueda ayudar (si existen detalles, por favor avisar y puedo corregir).

¡Saludos!

adinamarca avatar Jan 08 '22 13:01 adinamarca

Hola, gracias, tremendo trabajo!

¿ es real la última actualización solo al 27 de diciembre? me pareció ver en GISAID hasta el 10 de enero ayer.

dna33 avatar Jan 17 '22 19:01 dna33

Hola, gracias, tremendo trabajo!

¿ es real la última actualización solo al 27 de diciembre? me pareció ver en GISAID hasta el 10 de enero ayer.

Hola! De nada, gracias a Uds. !

Sí! Es raro, parece existir cierto desfase en la actualización de la fuente dado que no es del todo frecuente (no es problema del repo que realicé). De todas formas corroboré que sí se actualiza, pero con desfase. Desconozco si existirá otra fuente con mayor frecuencia de actualización.

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adinamarca avatar Jan 17 '22 19:01 adinamarca