Нормальная структура приложения.

[Zaxar163]

Лучше сделать это C++ классами, как и вашу хуклибу (TEB и PEB утилиты вынести в отдельный класс, некоторые моменты вынести в файл utils.cpp). Код станет более читаемым. Так же желательно сделать отдельный класс для взаимодействия с нативными структурами. Каждый вид защиты - наследует опред. класс с несколькими виртуальными методами и легко включается/выключается.