Unexpected NaNs in the ancestral states

[kfuku52]

Thank you for the development and maintenance of IQ-TREE. I am reporting unexpected NaNs in the .state file I got in only one out of 100 alignments I am analyzing.

IQ-TREE: IQ-TREE multicore version 2.0.3 for Mac OS X 64-bit built Apr 26 2020 OS: MacOS Catalina (reproduced also in Linux)

Command:

iqtree \
-s alignment.fa \
-te tree.nwk \
-m ECMK07+F+R4 \
--seqtype CODON1 \
--threads-max 4 \
--ancestral \
--rate \
--redo

Input and output files: pgk_sim.zip

I thought that no NaN should be produced because the input alignment contains gap-less codon sequences. But IQ-TREE produced NaNs at the codon site 1186 on some nodes like this:

Node1	1184	CCC	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.35397	0.37075	0.19126	0.08400	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000
Node1	1185	GTT	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00001	0.00001	0.00000	0.00015	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00504	0.00246	0.00621	0.98610	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000
Node1	1186	AAA	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan
Node1	1187	CAT	0.00006	0.00047	0.00003	0.00111	0.00000	0.00001	0.00000	0.00002	0.00000	0.00003	0.00000	0.00006	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00036	0.35076	0.00031	0.64236	0.00000	0.00000	0.00000	0.00001	0.00000	0.00005	0.00001	0.00003	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00011	0.00125	0.00011	0.00258	0.00000	0.00001	0.00000	0.00000	0.00000	0.00001	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00006	0.00011	0.00000	0.00001	0.00000	0.00003	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000
Node1	1188	ACA	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.90097	0.00170	0.00429	0.09292	0.00000	0.00000	0.00000	0.00002	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00001	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00001	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00004	0.00000	0.00000	0.00002	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000

Site 1186 doesn't look strange in the input alignment (highlighted):

It would be great if you could give me any suggestions. Thank you.