3dem
Relion 5 tomo picking error
╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮
│ in pick_particles:2 │
│ ╭─────────────────────────────── locals ───────────────────────────────╮ │
│ │ cache_size = 3 │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job068') │ │
│ │ pipeline_control = PosixPath('Picks/job068') │ │
│ │ tilt_series_star_file = PosixPath('Tomograms/job063/tomograms.star') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_p │
│ ython_programs/_utils/relion.py:75 in pipeline_job │
│ │
│ 72 │ │ │ job_directory.mkdir(parents=True, exist_ok=True) │
│ 73 │ │ try: │
│ 74 │ │ │ pipeline_directory = kwargs.pop(PIPELINE_CONTROL_KEYWORD_AR │
│ ❱ 75 │ │ │ func(*args, **kwargs) │
│ 76 │ │ │ if job_directory is not None and pipeline_directory is not │
│ 77 │ │ │ │ write_job_success_file(job_directory) │
│ 78 │ │ except BaseException: │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ args = () │ │
│ │ job_directory = PosixPath('Picks/job068') │ │
│ │ kwargs = { │ │
│ │ │ 'tilt_series_star_file': │ │
│ │ PosixPath('Tomograms/job063/tomograms.star'), │ │
│ │ │ 'output_directory': PosixPath('Picks/job068'), │ │
│ │ │ 'cache_size': 3 │ │
│ │ } │ │
│ │ pipeline_directory = PosixPath('Picks/job068') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_p │
│ ython_programs/pick/particles.py:137 in pick_particles │
│ │
│ 134 │ viewer = napari.Viewer(ndisplay=3) │
│ 135 │ relion_tilt_series_set = RlnTiltSeriesSet.from_star_file(tilt_seri │
│ 136 │ gui_tilt_series_set = relion_tilt_series_set.as_gui_model() │
│ ❱ 137 │ dock_widget = PickIsolatedParticlesWidget( │
│ 138 │ │ viewer=viewer, │
│ 139 │ │ tilt_series=gui_tilt_series_set, │
│ 140 │ │ output_directory=output_directory, │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ cache_size = 3 │ │
│ │ gui_tilt_series_set = { │ │
│ │ │ '20230630_1529_A034_G000_H004_D000': │ │
│ │ GuiTiltSeries( │ │
│ │ │ │ │ │
│ │ name='20230630_1529_A034_G000_H004_D000', │ │
│ │ │ │ tilt_image_files=[ │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1… │ │
│ │ │ │ │ ... +23 │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ tomogram_file=None, │ │
│ │ │ │ denoised_tomogram_file=None │ │
│ │ │ ) │ │
│ │ } │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job068') │ │
│ │ relion_tilt_series_set = RlnTiltSeriesSet( │ │
│ │ │ global_data= │ │
│ │ rlnTomoName ... │ │
│ │ rlnTomogramHProjectionalf2 │ │
│ │ rlnTomoName │ │
│ │ ... │ │
│ │ 20230630_1529_A034_G000_H004_D000 │ │
│ │ 20230630_1529_A034_G000_H004_D000 ... │ │
│ │ Tomograms/job063/projections/rec_20230630_1529… │ │
│ │ │ │
│ │ [1 rows x 20 columns], │ │
│ │ │ tilt_series=[ │ │
│ │ │ │ RlnTiltSeries( │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ name='20230630_1529_A034_G000_H004_D000', │ │
│ │ │ │ │ data= │ │
│ │ rlnMicrographMovieName ... rlnCtfScalefactor │ │
│ │ 0 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0000.… │ │
│ │ ... 0.669131 │ │
│ │ 1 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0001.… │ │
│ │ ... 0.707107 │ │
│ │ 2 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0002.… │ │
│ │ ... 0.743145 │ │
│ │ 3 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0003.… │ │
│ │ ... 0.777146 │ │
│ │ 4 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0004.… │ │
│ │ ... 0.809017 │ │
│ │ 5 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0005.… │ │
│ │ ... 0.838671 │ │
│ │ 6 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0006.… │ │
│ │ ... 0.866025 │ │
│ │ 7 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0007.… │ │
│ │ ... 0.891007 │ │
│ │ 8 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0008.… │ │
│ │ ... 0.913545 │ │
│ │ 9 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0009.… │ │
│ │ ... 0.933580 │ │
│ │ 10 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0010.… │ │
│ │ ... 0.951057 │ │
│ │ 11 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0011.… │ │
│ │ ... 0.965926 │ │
│ │ 12 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0012.… │ │
│ │ ... 0.978148 │ │
│ │ 13 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0013.… │ │
│ │ ... 0.987688 │ │
│ │ 14 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0014.… │ │
│ │ ... 0.994522 │ │
│ │ 15 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0015.… │ │
│ │ ... 0.998630 │ │
│ │ 16 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0016.… │ │
│ │ ... 1.000000 │ │
│ │ 17 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0017.… │ │
│ │ ... 0.998630 │ │
│ │ 18 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0018.… │ │
│ │ ... 0.994522 │ │
│ │ 19 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0019.… │ │
│ │ ... 0.987688 │ │
│ │ 20 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0020.… │ │
│ │ ... 0.978148 │ │
│ │ 21 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0021.… │ │
│ │ ... 0.965926 │ │
│ │ 22 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0022.… │ │
│ │ ... 0.951057 │ │
│ │ 23 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0023.… │ │
│ │ ... 0.933580 │ │
│ │ 24 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0024.… │ │
│ │ ... 0.913545 │ │
│ │ 25 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0025.… │ │
│ │ ... 0.891007 │ │
│ │ 26 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0026.… │ │
│ │ ... 0.866025 │ │
│ │ 27 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0027.… │ │
│ │ ... 0.838671 │ │
│ │ 28 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0028.… │ │
│ │ ... 0.809017 │ │
│ │ 29 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0029.… │ │
│ │ ... 0.777146 │ │
│ │ 30 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0030.… │ │
│ │ ... 0.743145 │ │
│ │ 31 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0031.… │ │
│ │ ... 0.707107 │ │
│ │ 32 │ │
│ │ frames/20230630_1529_A034_G000_H004_D000_0032.… │ │
│ │ ... 0.669131 │ │
│ │ │ │
│ │ [33 rows x 28 columns] │ │
│ │ │ │ ) │ │
│ │ │ ] │ │
│ │ ) │ │
│ │ tilt_series_star_file = PosixPath('Tomograms/job063/tomograms.star') │ │
│ │ viewer = Viewer( │ │
│ │ │ camera=Camera( │ │
│ │ │ │ center=(0.0, 0.0, 0.0), │ │
│ │ │ │ zoom=1.0, │ │
│ │ │ │ angles=(0.0, 0.0, 90.0), │ │
│ │ │ │ perspective=0.0, │ │
│ │ │ │ mouse_pan=True, │ │
│ │ │ │ mouse_zoom=True │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ cursor=Cursor( │ │
│ │ │ │ position=(1.0, 1.0), │ │
│ │ │ │ scaled=True, │ │
│ │ │ │ size=1, │ │
│ │ │ │ style=<CursorStyle.STANDARD: │ │
│ │ 'standard'> │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ dims=Dims( │ │
│ │ │ │ ndim=2, │ │
│ │ │ │ ndisplay=3, │ │
│ │ │ │ last_used=0, │ │
│ │ │ │ range=((0, 2, 1), (0, 2, 1)), │ │
│ │ │ │ current_step=(0, 0), │ │
│ │ │ │ order=(0, 1), │ │
│ │ │ │ axis_labels=('0', '1') │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ grid=GridCanvas( │ │
│ │ │ │ stride=1, │ │
│ │ │ │ shape=(-1, -1), │ │
│ │ │ │ enabled=False │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ layers=[], │ │
│ │ │ help='', │ │
│ │ │ status='Ready', │ │
│ │ │ tooltip=Tooltip(visible=False, text=''), │ │
│ │ │ theme='dark', │ │
│ │ │ title='napari', │ │
│ │ │ mouse_over_canvas=False, │ │
│ │ │ mouse_move_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_drag_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_double_click_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_wheel_callbacks=[ │ │
│ │ │ │ <function dims_scroll at │ │
│ │ 0x7f7889a6f6d0> │ │
│ │ │ ], │ │
│ │ │ _persisted_mouse_event={}, │ │
│ │ │ _mouse_drag_gen={}, │ │
│ │ │ _mouse_wheel_gen={}, │ │
│ │ │ keymap={ │ │
│ │ │ │ '[': <bound method │ │
│ │ TomogramBrowserWidget.previous_tilt_series of │ │
│ │ <tomography_python_programs._qt.components.tom… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0>>, │ │
│ │ │ │ ']': <bound method │ │
│ │ TomogramBrowserWidget.next_tilt_series of │ │
│ │ <tomography_python_programs._qt.components.tom… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0>> │ │
│ │ │ } │ │
│ │ ) │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_p │
│ ython_programs/pick/particles.py:37 in init │
│ │
│ 34 │ │ self.viewer = viewer │
│ 35 │ │ self.output_directory = output_directory │
│ 36 │ │ │
│ ❱ 37 │ │ self.tomogram_browser_widget = TomogramBrowserWidget( │
│ 38 │ │ │ viewer=viewer, │
│ 39 │ │ │ tilt_series=tilt_series, │
│ 40 │ │ │ cache_size=cache_size, │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ args = () │ │
│ │ cache_size = 3 │ │
│ │ kwargs = {} │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job068') │ │
│ │ self = <tomography_python_programs.pick.particles.PickIsola… │ │
│ │ object at 0x7f7890023f40> │ │
│ │ tilt_series = { │ │
│ │ │ '20230630_1529_A034_G000_H004_D000': │ │
│ │ GuiTiltSeries( │ │
│ │ │ │ name='20230630_1529_A034_G000_H004_D000', │ │
│ │ │ │ tilt_image_files=[ │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A0… │ │
│ │ │ │ │ ... +23 │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ tomogram_file=None, │ │
│ │ │ │ denoised_tomogram_file=None │ │
│ │ │ ) │ │
│ │ } │ │
│ │ viewer = Viewer( │ │
│ │ │ camera=Camera( │ │
│ │ │ │ center=(0.0, 0.0, 0.0), │ │
│ │ │ │ zoom=1.0, │ │
│ │ │ │ angles=(0.0, 0.0, 90.0), │ │
│ │ │ │ perspective=0.0, │ │
│ │ │ │ mouse_pan=True, │ │
│ │ │ │ mouse_zoom=True │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ cursor=Cursor( │ │
│ │ │ │ position=(1.0, 1.0), │ │
│ │ │ │ scaled=True, │ │
│ │ │ │ size=1, │ │
│ │ │ │ style=<CursorStyle.STANDARD: 'standard'> │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ dims=Dims( │ │
│ │ │ │ ndim=2, │ │
│ │ │ │ ndisplay=3, │ │
│ │ │ │ last_used=0, │ │
│ │ │ │ range=((0, 2, 1), (0, 2, 1)), │ │
│ │ │ │ current_step=(0, 0), │ │
│ │ │ │ order=(0, 1), │ │
│ │ │ │ axis_labels=('0', '1') │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ grid=GridCanvas( │ │
│ │ │ │ stride=1, │ │
│ │ │ │ shape=(-1, -1), │ │
│ │ │ │ enabled=False │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ layers=[], │ │
│ │ │ help='', │ │
│ │ │ status='Ready', │ │
│ │ │ tooltip=Tooltip(visible=False, text=''), │ │
│ │ │ theme='dark', │ │
│ │ │ title='napari', │ │
│ │ │ mouse_over_canvas=False, │ │
│ │ │ mouse_move_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_drag_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_double_click_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_wheel_callbacks=[ │ │
│ │ │ │ <function dims_scroll at 0x7f7889a6f6d0> │ │
│ │ │ ], │ │
│ │ │ _persisted_mouse_event={}, │ │
│ │ │ _mouse_drag_gen={}, │ │
│ │ │ _mouse_wheel_gen={}, │ │
│ │ │ keymap={ │ │
│ │ │ │ '[': <bound method │ │
│ │ TomogramBrowserWidget.previous_tilt_series of │ │
│ │ <tomography_python_programs.qt.components.tomogram… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0>>, │ │
│ │ │ │ ']': <bound method │ │
│ │ TomogramBrowserWidget.next_tilt_series of │ │
│ │ <tomography_python_programs.qt.components.tomogram… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0>> │ │
│ │ │ } │ │
│ │ ) │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_p │
│ ython_programs/_qt/components/tomogram_browser.py:52 in init │
│ │
│ 49 │ │ ) │
│ 50 │ │ self.previous_tilt_series = self.viewer.bind_key('[', self.pre │
│ 51 │ │ self.next_tilt_series = self.viewer.bind_key(']', self.next_ti │
│ ❱ 52 │ │ self._on_tomogram_selection_change() │
│ 53 │ │
│ 54 │ @property │
│ 55 │ def image_layer(self) -> napari.layers.Image: │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ args = () │ │
│ │ cache_size = 3 │ │
│ │ kwargs = {} │ │
│ │ self = <tomography_python_programs._qt.components.tomogram_brows… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0> │ │
│ │ tilt_series = { │ │
│ │ │ '20230630_1529_A034_G000_H004_D000': GuiTiltSeries( │ │
│ │ │ │ name='20230630_1529_A034_G000_H004_D000', │ │
│ │ │ │ tilt_image_files=[ │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ │ │
│ │ PosixPath('MotionCorr/job059/frames/20230630_1529_A034_G0… │ │
│ │ │ │ │ ... +23 │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ tomogram_file=None, │ │
│ │ │ │ denoised_tomogram_file=None │ │
│ │ │ ) │ │
│ │ } │ │
│ │ viewer = Viewer( │ │
│ │ │ camera=Camera( │ │
│ │ │ │ center=(0.0, 0.0, 0.0), │ │
│ │ │ │ zoom=1.0, │ │
│ │ │ │ angles=(0.0, 0.0, 90.0), │ │
│ │ │ │ perspective=0.0, │ │
│ │ │ │ mouse_pan=True, │ │
│ │ │ │ mouse_zoom=True │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ cursor=Cursor( │ │
│ │ │ │ position=(1.0, 1.0), │ │
│ │ │ │ scaled=True, │ │
│ │ │ │ size=1, │ │
│ │ │ │ style=<CursorStyle.STANDARD: 'standard'> │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ dims=Dims( │ │
│ │ │ │ ndim=2, │ │
│ │ │ │ ndisplay=3, │ │
│ │ │ │ last_used=0, │ │
│ │ │ │ range=((0, 2, 1), (0, 2, 1)), │ │
│ │ │ │ current_step=(0, 0), │ │
│ │ │ │ order=(0, 1), │ │
│ │ │ │ axis_labels=('0', '1') │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ grid=GridCanvas( │ │
│ │ │ │ stride=1, │ │
│ │ │ │ shape=(-1, -1), │ │
│ │ │ │ enabled=False │ │
│ │ │ ), │ │
│ │ │ layers=[], │ │
│ │ │ help='', │ │
│ │ │ status='Ready', │ │
│ │ │ tooltip=Tooltip(visible=False, text=''), │ │
│ │ │ theme='dark', │ │
│ │ │ title='napari', │ │
│ │ │ mouse_over_canvas=False, │ │
│ │ │ mouse_move_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_drag_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_double_click_callbacks=[], │ │
│ │ │ mouse_wheel_callbacks=[ │ │
│ │ │ │ <function dims_scroll at 0x7f7889a6f6d0> │ │
│ │ │ ], │ │
│ │ │ _persisted_mouse_event={}, │ │
│ │ │ _mouse_drag_gen={}, │ │
│ │ │ _mouse_wheel_gen={}, │ │
│ │ │ keymap={ │ │
│ │ │ │ '[': <bound method │ │
│ │ TomogramBrowserWidget.previous_tilt_series of │ │
│ │ <tomography_python_programs._qt.components.tomogram_brows… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0>>, │ │
│ │ │ │ ']': <bound method │ │
│ │ TomogramBrowserWidget.next_tilt_series of │ │
│ │ <tomography_python_programs._qt.components.tomogram_brows… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0>> │ │
│ │ │ } │ │
│ │ ) │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_p │
│ ython_programs/_qt/components/tomogram_browser.py:69 in │
│ _on_tomogram_selection_change │
│ │
│ 66 │ def _on_tomogram_selection_change(self): │
│ 67 │ │ self.changing_tomogram.emit() │
│ 68 │ │ self.selected_tilt_series = self.tilt_series_list_widget.selec │
│ ❱ 69 │ │ self._load_tomogram(self.selected_tilt_series.name, add_to_vie │
│ 70 │ │ self._preload_next_tomograms() │
│ 71 │ │
│ 72 │ def _update_tomogram_in_viewer(self, tomogram: np.ndarray): │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ self = <tomography_python_programs._qt.components.tomogram_browser.Tomo… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0> │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_p │
│ ython_programs/_qt/components/tomogram_browser.py:93 in _load_tomogram │
│ │
│ 90 │ │ denoised_tomogram_file = self.tilt_series[tilt_series_id].deno │
│ 91 │ │ tomogram_file = self.tilt_series[tilt_series_id].tomogram_file │
│ 92 │ │ tomogram_file = denoised_tomogram_file if denoised_tomogram_fi │
│ ❱ 93 │ │ tomogram = mrcfile.read(tomogram_file) │
│ 94 │ │ self._cache[tilt_series_id] = tomogram │
│ 95 │ │ if add_to_viewer: │
│ 96 │ │ │ self._update_tomogram_in_viewer(tomogram) │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ add_to_viewer = True │ │
│ │ denoised_tomogram_file = None │ │
│ │ self = <tomography_python_programs._qt.components.tom… │ │
│ │ object at 0x7f78902b3eb0> │ │
│ │ tilt_series_id = '20230630_1529_A034_G000_H004_D000' │ │
│ │ tomogram_file = None │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/mrcfile/load │
│ _functions.py:157 in read │
│ │
│ 154 │ Returns: │
│ 155 │ │ A :class:numpy array<numpy.ndarray> containing the data from │
│ 156 │ """ │
│ ❱ 157 │ with open(name, mode='r', permissive=True) as mrc: │
│ 158 │ │ data = mrc.data.copy() │
│ 159 │ return data │
│ 160 │
│ │
│ ╭── locals ───╮ │
│ │ name = None │ │
│ ╰─────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/mrcfile/load │
│ _functions.py:139 in open │
│ │
│ 136 │ │ │ │ NewMrc = GzipMrcFile │
│ 137 │ │ │ elif start[:2] == b'BZ': │
│ 138 │ │ │ │ NewMrc = Bzip2MrcFile │
│ ❱ 139 │ return NewMrc(name, mode=mode, permissive=permissive, │
│ 140 │ │ │ │ header_only=header_only) │
│ 141 │
│ 142 │
│ │
│ ╭─────── locals ───────╮ │
│ │ header_only = False │ │
│ │ mode = 'r' │ │
│ │ name = 'None' │ │
│ │ permissive = True │ │
│ ╰──────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/mrcfile/mrcf │
│ ile.py:109 in init │
│ │
│ 106 │ │ self._mode = mode │
│ 107 │ │ self._read_only = (self._mode == 'r') │
│ 108 │ │ │
│ ❱ 109 │ │ self._open_file(name) │
│ 110 │ │ │
│ 111 │ │ try: │
│ 112 │ │ │ if 'w' in mode: │
│ │
│ ╭──────────────────────────────── locals ────────────────────────────────╮ │
│ │ header_only = False │ │
│ │ kwargs = {} │ │
│ │ mode = 'r' │ │
│ │ name = 'None' │ │
│ │ overwrite = False │ │
│ │ permissive = True │ │
│ │ self = <repr-error "'NoneType' object has no attribute 'name'"> │ │
│ ╰────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/admin/.conda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/mrcfile/mrcf │
│ ile.py:126 in _open_file │
│ │
│ 123 │ │
│ 124 │ def _open_file(self, name): │
│ 125 │ │ """Open a file object to use as the I/O stream.""" │
│ ❱ 126 │ │ self._iostream = open(name, self._mode + 'b') │
│ 127 │ │
│ 128 │ def _read(self, header_only=False): │
│ 129 │ │ """Override _read() to move back to start of file first.""" │
│ │
│ ╭──────────────────────────── locals ─────────────────────────────╮ │
│ │ name = 'None' │ │
│ │ self = <repr-error "'NoneType' object has no attribute 'name'"> │ │
│ ╰─────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'None'
Does anybody faced such issue while launching picking job in relion 5.0 enviorment. If yes what can be the issue and what is the fix for such issue?
I am seeing exactly same issues, and have tried reinstall conda env, but even clean env breaks on my installation. I have a working dedicated napari conda env, maybe that way forward would be a solution for more stable installation? instead of trying to mix multiple packages in same conda env. Beautiful if it work, but often this is a challenge. Or maybe devels could offer download of working conda env. as an alternative installation methode? Some help here would be nice.
