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3dem
Import Error with Tomo collected on the border line between two calendar month
This is a template for reporting bugs. Please fill in as much information as you can.
Describe your problem Current Relion/5.0b won't import tile-serious collected right on the line between two calendar months: for example half in the last hour of April 30th and half in the first hour of May 1st. I solved the problem by shifting the date to April 29th-April 30th, while keeping the hours the same, Relion/5.0b then imported the data without error. Hopefully this is not a complicated bug to fix. Thanks.
Error message:
Please cite the full error message as the example below.
╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮
│ in import_tilt_series_from_serial_em:2 │
│ ╭─────────────────────────── locals ────────────────────────────╮ │
│ │ amplitude_contrast = 0.1 │ │
│ │ dose_per_movie_frame = 0.2 │ │
│ │ dose_per_tilt_image = None │ │
│ │ images_are_motion_corrected = False │ │
│ │ invert_defocus_handedness = True │ │
│ │ mdoc_file_pattern = 'grid03/*.mdoc' │ │
│ │ mtf_file = None │ │
│ │ nominal_pixel_size = 1.655 │ │
│ │ nominal_tilt_axis_angle = 85.0 │ │
│ │ optics_group_name = 'syn-grid3' │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Import/job013') │ │
│ │ pipeline_control = PosixPath('Import/job013') │ │
│ │ prefix = '' │ │
│ │ spherical_aberration = 2.7 │ │
│ │ tilt_image_movie_pattern = 'movies/synapsome-movies/*.tif' │ │
│ │ voltage = 300.0 │ │
│ ╰───────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /usr/local/apps/RELION/240506/mamba/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-pack │
│ ages/tomography_python_programs/_utils/relion.py:75 in pipeline_job │
│ │
│ 72 │ │ │ job_directory.mkdir(parents=True, exist_ok=True) │
│ 73 │ │ try: │
│ 74 │ │ │ pipeline_directory = kwargs.pop(PIPELINE_CONTROL_KEYWORD_AR │
│ ❱ 75 │ │ │ func(*args, **kwargs) │
│ 76 │ │ │ if job_directory is not None and pipeline_directory is not │
│ 77 │ │ │ │ write_job_success_file(job_directory) │
│ 78 │ │ except BaseException: │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ args = () │ │
│ │ func = <function import_tilt_series_from_serial_em at │ │
│ │ 0x15554b1c7130> │ │
│ │ job_directory = PosixPath('Import/job013') │ │
│ │ kwargs = { │ │
│ │ │ 'tilt_image_movie_pattern': │ │
│ │ 'movies/synapsome-movies/*.tif', │ │
│ │ │ 'mdoc_file_pattern': 'grid03/*.mdoc', │ │
│ │ │ 'output_directory': PosixPath('Import/job013'), │ │
│ │ │ 'nominal_tilt_axis_angle': 85.0, │ │
│ │ │ 'nominal_pixel_size': 1.655, │ │
│ │ │ 'voltage': 300.0, │ │
│ │ │ 'spherical_aberration': 2.7, │ │
│ │ │ 'amplitude_contrast': 0.1, │ │
│ │ │ 'optics_group_name': 'syn-grid3', │ │
│ │ │ 'invert_defocus_handedness': True, │ │
│ │ │ ... +5 │ │
│ │ } │ │
│ │ pipeline_directory = PosixPath('Import/job013') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /usr/local/apps/RELION/240506/mamba/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-pack │
│ ages/tomography_python_programs/import_tilt_series/serialem.py:133 in │
│ import_tilt_series_from_serial_em │
│ │
│ 130 │ console.log('writing per tilt-series STAR files...') │
│ 131 │ for tomogram_id, mdoc_file, output_filename in \ │
│ 132 │ │ │ track(list(zip(tomogram_ids, mdoc_files, tilt_series_star_ │
│ ❱ 133 │ │ tilt_image_df = _generate_tilt_image_dataframe( │
│ 134 │ │ │ mdoc_file=mdoc_file, │
│ 135 │ │ │ tilt_image_files=tilt_image_files, │
│ 136 │ │ │ dose_per_tilt_image=dose_per_tilt_image, │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ amplitude_contrast = 0.1 │ │
│ │ dose_per_movie_frame = 0.2 │ │
│ │ dose_per_tilt_image = None │ │
│ │ global_df = │ rlnTomoName ... rlnOpticsGroupName │ │
│ │ 0 synap-tomo01 ... syn-grid3 │ │
│ │ 1 synap-tomo02 ... syn-grid3 │ │
│ │ 2 synap-tomo03 ... syn-grid3 │ │
│ │ 3 synap-tomo04 ... syn-grid3 │ │
│ │ 4 synap-tomo05 ... syn-grid3 │ │
│ │ 5 synap-tomo06 ... syn-grid3 │ │
│ │ 6 synap-tomo07 ... syn-grid3 │ │
│ │ 7 synap-tomo08 ... syn-grid3 │ │
│ │ 8 synap-tomo09 ... syn-grid3 │ │
│ │ 9 synap-tomo10 ... syn-grid3 │ │
│ │ 10 synap-tomo11 ... syn-grid3 │ │
│ │ 11 synap-tomo12 ... syn-grid3 │ │
│ │ 12 synap-tomo13 ... syn-grid3 │ │
│ │ 13 synap-tomo14 ... syn-grid3 │ │
│ │ 14 synap-tomo15 ... syn-grid3 │ │
│ │ 15 synap-tomo16 ... syn-grid3 │ │
│ │ 16 synap-tomo17 ... syn-grid3 │ │
│ │ 17 synap-tomo18 ... syn-grid3 │ │
│ │ 18 synap-tomo19 ... syn-grid3 │ │
│ │ 19 synap-tomo20 ... syn-grid3 │ │
│ │ 20 synap-tomo21 ... syn-grid3 │ │
│ │ 21 synap-tomo22 ... syn-grid3 │ │
│ │ 22 synap-tomo23 ... syn-grid3 │ │
│ │ 23 synap-tomo24 ... syn-grid3 │ │
│ │ 24 synap-tomo25 ... syn-grid3 │ │
│ │ 25 synap-tomo26 ... syn-grid3 │ │
│ │ 26 synap-tomo26 ... syn-grid3 │ │
│ │ │ │
│ │ [27 rows x 8 columns] │ │
│ │ global_star_file = PosixPath('Import/job013/tilt_series.star… │ │
│ │ images_are_motion_corrected = False │ │
│ │ invert_defocus_handedness = True │ │
│ │ mdoc_file = PosixPath('grid03/synap-tomo04.mrc.mdoc') │ │
│ │ mdoc_file_pattern = 'grid03/*.mdoc' │ │
│ │ mdoc_files = [ │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo01.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo02.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo03.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo04.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo05.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo06.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo07.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo08.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo09.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('grid03/synap-tomo10.mrc.mdoc'), │ │
│ │ │ ... +17 │ │
│ │ ] │ │
│ │ mtf_file = None │ │
│ │ nominal_pixel_size = 1.655 │ │
│ │ nominal_tilt_axis_angle = 85.0 │ │
│ │ optics_group_name = 'syn-grid3' │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Import/job013') │ │
│ │ output_filename = PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ prefix = '' │ │
│ │ spherical_aberration = 2.7 │ │
│ │ tilt_image_df = │ │ │ │ │ │ │ │ │
│ │ rlnMicrographMovieName ... │ │
│ │ rlnTomoNominalDefocus │ │
│ │ 18 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 19 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 20 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 21 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 17 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 16 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 15 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 22 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 23 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 24 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 14 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 13 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 12 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 25 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 26 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 27 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 11 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 10 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 9 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 28 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 29 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 30 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 8 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 7 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 6 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 31 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 32 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 33 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 5 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 4 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 3 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 34 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 35 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 36 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 2 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 1 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 0 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ 37 │ │
│ │ movies/synapsome-movies/synap-tomo03_47_0… │ │
│ │ ... -4.0 │ │
│ │ │ │
│ │ [38 rows x 6 columns] │ │
│ │ tilt_image_files = [ │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ ... +1468 │ │
│ │ ] │ │
│ │ tilt_image_movie_pattern = 'movies/synapsome-movies/*.tif' │ │
│ │ tilt_series_directory = PosixPath('Import/job013/tilt_series') │ │
│ │ tilt_series_star_files = [ │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('Import/job013/tilt_series/syna… │ │
│ │ │ ... +17 │ │
│ │ ] │ │
│ │ tomogram_id = 'synap-tomo04' │ │
│ │ tomogram_ids = [ │ │
│ │ │ 'synap-tomo01', │ │
│ │ │ 'synap-tomo02', │ │
│ │ │ 'synap-tomo03', │ │
│ │ │ 'synap-tomo04', │ │
│ │ │ 'synap-tomo05', │ │
│ │ │ 'synap-tomo06', │ │
│ │ │ 'synap-tomo07', │ │
│ │ │ 'synap-tomo08', │ │
│ │ │ 'synap-tomo09', │ │
│ │ │ 'synap-tomo10', │ │
│ │ │ ... +17 │ │
│ │ ] │ │
│ │ voltage = 300.0 │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /usr/local/apps/RELION/240506/mamba/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-pack │
│ ages/tomography_python_programs/import_tilt_series/serialem.py:166 in │
│ _generate_tilt_image_dataframe │
│ │
│ 163 ) -> pd.DataFrame: │
│ 164 │ """Generate a dataframe containing data about images in a tilt-ser │
│ 165 │ df = mdocfile.read(mdoc_file) │
│ ❱ 166 │ df['DateTime'] = pd.to_datetime(df['DateTime']) │
│ 167 │ df = df.sort_values(by="DateTime", ascending=True) │
│ 168 │ df['pre_exposure_dose'] = calculate_pre_exposure_dose( │
│ 169 │ │ df, dose_per_tilt_image=dose_per_tilt_image, dose_per_movie_fr │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ df = │ ZValue ... │ │
│ │ titles │ │
│ │ 0 0 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 1 1 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 2 2 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 3 3 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 4 4 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 5 5 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 6 6 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 7 7 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 8 8 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 9 9 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 10 10 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 11 11 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 12 12 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 13 13 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 14 14 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 15 15 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 16 16 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 17 17 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 18 18 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 19 19 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 20 20 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 21 21 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 22 22 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 23 23 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 24 24 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 25 25 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 26 26 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 27 27 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 28 28 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 29 29 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 30 30 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 31 31 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 32 32 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 33 33 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 34 34 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 35 35 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 36 36 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 37 37 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 38 38 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 39 39 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 40 40 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 41 41 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 42 42 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 43 43 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 44 44 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 45 45 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 46 46 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 47 47 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 48 48 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 49 49 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 50 50 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 51 51 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 52 52 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 53 53 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 54 54 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 55 55 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 56 56 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ 57 57 ... [[T = SerialEM: Krios G4 │ │
│ │ 9930305 ... │ │
│ │ │ │
│ │ [58 rows x 33 columns] │ │
│ │ dose_per_movie_frame = 0.2 │ │
│ │ dose_per_tilt_image = None │ │
│ │ images_are_motion_corrected = False │ │
│ │ mdoc_file = PosixPath('grid03/synap-tomo04.mrc.mdoc') │ │
│ │ nominal_tilt_axis_angle = 85.0 │ │
│ │ tilt_image_files = [ │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ │ │
│ │ PosixPath('movies/synapsome-movies/synap-… │ │
│ │ │ ... +1468 │ │
│ │ ] │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /usr/local/apps/RELION/240506/mamba/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-pack │
│ ages/pandas/core/tools/datetimes.py:1067 in to_datetime │
│ │
│ 1064 │ │ if not cache_array.empty: │
│ 1065 │ │ │ result = arg.map(cache_array) │
│ 1066 │ │ else: │
│ ❱ 1067 │ │ │ values = convert_listlike(arg._values, format) │
│ 1068 │ │ │ result = arg._constructor(values, index=arg.index, name=a │
│ 1069 │ elif isinstance(arg, (ABCDataFrame, abc.MutableMapping)): │
│ 1070 │ │ result = _assemble_from_unit_mappings(arg, errors, utc) │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ arg = 0 01-May-2024 00:07:05 │ │
│ │ 1 01-May-2024 00:06:47 │ │
│ │ 2 01-May-2024 00:06:28 │ │
│ │ 3 01-May-2024 00:03:59 │ │
│ │ 4 01-May-2024 00:03:40 │ │
│ │ 5 01-May-2024 00:03:21 │ │
│ │ 6 01-May-2024 00:01:55 │ │
│ │ 7 01-May-2024 00:01:29 │ │
│ │ 8 01-May-2024 00:01:10 │ │
│ │ 9 30-Apr-2024 23:59:32 │ │
│ │ 10 30-Apr-2024 23:59:14 │ │
│ │ 11 30-Apr-2024 23:58:48 │ │
│ │ 12 30-Apr-2024 23:57:30 │ │
│ │ 13 30-Apr-2024 23:57:11 │ │
│ │ 14 30-Apr-2024 23:56:52 │ │
│ │ 15 30-Apr-2024 23:55:20 │ │
│ │ 16 30-Apr-2024 23:55:02 │ │
│ │ 17 30-Apr-2024 23:54:44 │ │
│ │ 18 30-Apr-2024 23:53:33 │ │
│ │ 19 30-Apr-2024 23:53:08 │ │
│ │ 20 30-Apr-2024 23:52:49 │ │
│ │ 21 30-Apr-2024 23:51:31 │ │
│ │ 22 30-Apr-2024 23:51:14 │ │
│ │ 23 30-Apr-2024 23:50:46 │ │
│ │ 24 30-Apr-2024 23:49:27 │ │
│ │ 25 30-Apr-2024 23:49:00 │ │
│ │ 26 30-Apr-2024 23:48:35 │ │
│ │ 27 30-Apr-2024 23:47:02 │ │
│ │ 28 30-Apr-2024 23:47:28 │ │
│ │ 29 30-Apr-2024 23:47:52 │ │
│ │ 30 30-Apr-2024 23:48:08 │ │
│ │ 31 30-Apr-2024 23:49:45 │ │
│ │ 32 30-Apr-2024 23:50:11 │ │
│ │ 33 30-Apr-2024 23:50:28 │ │
│ │ 34 30-Apr-2024 23:51:50 │ │
│ │ 35 30-Apr-2024 23:52:06 │ │
│ │ 36 30-Apr-2024 23:52:30 │ │
│ │ 37 30-Apr-2024 23:53:51 │ │
│ │ 38 30-Apr-2024 23:54:07 │ │
│ │ 39 30-Apr-2024 23:54:24 │ │
│ │ 40 30-Apr-2024 23:55:47 │ │
│ │ 41 30-Apr-2024 23:56:06 │ │
│ │ 42 30-Apr-2024 23:56:24 │ │
│ │ 43 30-Apr-2024 23:57:57 │ │
│ │ 44 30-Apr-2024 23:58:13 │ │
│ │ 45 30-Apr-2024 23:58:29 │ │
│ │ 46 01-May-2024 00:00:19 │ │
│ │ 47 01-May-2024 00:00:35 │ │
│ │ 48 01-May-2024 00:00:50 │ │
│ │ 49 01-May-2024 00:02:14 │ │
│ │ 50 01-May-2024 00:02:39 │ │
│ │ 51 01-May-2024 00:02:56 │ │
│ │ 52 01-May-2024 00:04:19 │ │
│ │ 53 01-May-2024 00:04:35 │ │
│ │ 54 01-May-2024 00:04:59 │ │
│ │ 55 01-May-2024 00:05:16 │ │
│ │ 56 01-May-2024 00:05:34 │ │
│ │ 57 01-May-2024 00:05:50 │ │
│ │ Name: DateTime, dtype: object │ │
│ │ cache = True │ │
│ │ cache_array = Series([], dtype: object) │ │
│ │ convert_listlike = functools.partial(<function │ │
│ │ _convert_listlike_datetimes at 0x15554c1ef640>, │ │
│ │ utc=False, unit=None, dayfirst=False, │ │
│ │ yearfirst=False, errors='raise', │ │
│ │ exact=<no_default>) │ │
│ │ dayfirst = False │ │
│ │ errors = 'raise' │ │
│ │ exact = <no_default> │ │
│ │ format = None │ │
│ │ infer_datetime_format = <no_default> │ │
│ │ origin = 'unix' │ │
│ │ unit = None │ │
│ │ utc = False │ │
│ │ yearfirst = False │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /usr/local/apps/RELION/240506/mamba/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-pack │
│ ages/pandas/core/tools/datetimes.py:433 in _convert_listlike_datetimes │
│ │
│ 430 │ │
│ 431 │ # `format` could be inferred, or user didn't ask for mixed-format │
│ 432 │ if format is not None and format != "mixed": │
│ ❱ 433 │ │ return _array_strptime_with_fallback(arg, name, utc, format, │
│ 434 │ │
│ 435 │ result, tz_parsed = objects_to_datetime64( │
│ 436 │ │ arg, │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ _ = False │ │
│ │ arg = array(['01-May-2024 00:07:05', '01-May-2024 00:06:47', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:06:28', '01-May-2024 00:03:59', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:03:40', '01-May-2024 00:03:21', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:01:55', '01-May-2024 00:01:29', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:01:10', '30-Apr-2024 23:59:32', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:59:14', '30-Apr-2024 23:58:48', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:57:30', '30-Apr-2024 23:57:11', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:56:52', '30-Apr-2024 23:55:20', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:55:02', '30-Apr-2024 23:54:44', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:53:33', '30-Apr-2024 23:53:08', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:52:49', '30-Apr-2024 23:51:31', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:51:14', '30-Apr-2024 23:50:46', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:49:27', '30-Apr-2024 23:49:00', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:48:35', '30-Apr-2024 23:47:02', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:47:28', '30-Apr-2024 23:47:52', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:48:08', '30-Apr-2024 23:49:45', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:50:11', '30-Apr-2024 23:50:28', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:51:50', '30-Apr-2024 23:52:06', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:52:30', '30-Apr-2024 23:53:51', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:54:07', '30-Apr-2024 23:54:24', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:55:47', '30-Apr-2024 23:56:06', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:56:24', '30-Apr-2024 23:57:57', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:58:13', '30-Apr-2024 23:58:29', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:00:19', '01-May-2024 00:00:35', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:00:50', '01-May-2024 00:02:14', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:02:39', '01-May-2024 00:02:56', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:04:19', '01-May-2024 00:04:35', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:04:59', '01-May-2024 00:05:16', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:05:34', '01-May-2024 00:05:50'], │ │
│ │ dtype=object) │ │
│ │ arg_dtype = dtype('O') │ │
│ │ dayfirst = False │ │
│ │ errors = 'raise' │ │
│ │ exact = <no_default> │ │
│ │ format = '%d-%B-%Y %H:%M:%S' │ │
│ │ name = None │ │
│ │ tz = None │ │
│ │ unit = None │ │
│ │ utc = False │ │
│ │ yearfirst = False │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /usr/local/apps/RELION/240506/mamba/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-pack │
│ ages/pandas/core/tools/datetimes.py:467 in _array_strptime_with_fallback │
│ │
│ 464 │ """ │
│ 465 │ Call array_strptime, with fallback behavior depending on 'errors' │
│ 466 │ """ │
│ ❱ 467 │ result, tz_out = array_strptime(arg, fmt, exact=exact, errors=err │
│ 468 │ if tz_out is not None: │
│ 469 │ │ unit = np.datetime_data(result.dtype)[0] │
│ 470 │ │ dtype = DatetimeTZDtype(tz=tz_out, unit=unit) │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ arg = array(['01-May-2024 00:07:05', '01-May-2024 00:06:47', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:06:28', '01-May-2024 00:03:59', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:03:40', '01-May-2024 00:03:21', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:01:55', '01-May-2024 00:01:29', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:01:10', '30-Apr-2024 23:59:32', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:59:14', '30-Apr-2024 23:58:48', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:57:30', '30-Apr-2024 23:57:11', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:56:52', '30-Apr-2024 23:55:20', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:55:02', '30-Apr-2024 23:54:44', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:53:33', '30-Apr-2024 23:53:08', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:52:49', '30-Apr-2024 23:51:31', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:51:14', '30-Apr-2024 23:50:46', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:49:27', '30-Apr-2024 23:49:00', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:48:35', '30-Apr-2024 23:47:02', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:47:28', '30-Apr-2024 23:47:52', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:48:08', '30-Apr-2024 23:49:45', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:50:11', '30-Apr-2024 23:50:28', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:51:50', '30-Apr-2024 23:52:06', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:52:30', '30-Apr-2024 23:53:51', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:54:07', '30-Apr-2024 23:54:24', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:55:47', '30-Apr-2024 23:56:06', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:56:24', '30-Apr-2024 23:57:57', │ │
│ │ │ '30-Apr-2024 23:58:13', '30-Apr-2024 23:58:29', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:00:19', '01-May-2024 00:00:35', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:00:50', '01-May-2024 00:02:14', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:02:39', '01-May-2024 00:02:56', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:04:19', '01-May-2024 00:04:35', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:04:59', '01-May-2024 00:05:16', │ │
│ │ │ '01-May-2024 00:05:34', '01-May-2024 00:05:50'], │ │
│ │ dtype=object) │ │
│ │ errors = 'raise' │ │
│ │ exact = <no_default> │ │
│ │ fmt = '%d-%B-%Y %H:%M:%S' │ │
│ │ name = None │ │
│ │ utc = False │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ in pandas._libs.tslibs.strptime.array_strptime:501 │
│ │
│ in pandas._libs.tslibs.strptime.array_strptime:451 │
│ │
│ in pandas._libs.tslibs.strptime._parse_with_format:583 │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
ValueError: time data "30-Apr-2024 23:59:32" doesn't match format "%d-%B-%Y
%H:%M:%S", at position 9. You might want to try:
- passing `format` if your strings have a consistent format;
- passing `format='ISO8601'` if your strings are all ISO8601 but not
necessarily in exactly the same format;
- passing `format='mixed'`, and the format will be inferred for each element
individually. You might want to use `dayfirst` alongside this.
srun: error: cn4340: task 0: Exited with exit code 2
