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RELION 5.0-beta-3 (commit ad0c1f) fails to write output from tomogram particle picking
Describe your problem
When using particle mode for picking in tomograms, RELION fails to write necessary output for further processing, Python traceback complains "ValueError: cannot insert rlnTomoName, already exists", even if dataset comprises a single tomogram.
Sphere picking in the tutorial works. Have not tested filament picker.
Environment:
- OS: Ubuntu 20.04.4
- MPI runtime: irrelevant
- RELION version: RELION-5.0-beta-3-commit-ad0c1f
- Memory: 512GB
- GPU: Quadro A4000
Dataset:
- Box size: not extracted particles yet.
- Pixel size: 1.7005 (original), 10 (downsampled tomograms)
- Number of particles: n/a
- Description: Ribosome (EMPIAR 10499)
Job options:
- Type of job: TomoPick
- Number of MPI processes: n/a
- Number of threads: n/a
- Full command (see
note.txtin the job directory):
`which relion_python_tomo_pick` particles --tilt-series-star-file Tomograms/job016/tomograms.star --output-directory Picks/job019/ --pipeline_control Picks/job019/ && `which relion_python_tomo_get_particle_poses` particles --tilt-series-star-file Tomograms/job016/tomograms.star --annotations-directory Picks/job019/annotations --output-directory Picks/job019/ --pipeline_control Picks/job019/
Error message:
Please cite the full error message as the example below.
╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮
│ in combine_particle_annotations:2 │
│ ╭─────────────────────────────── locals ───────────────────────────────╮ │
│ │ annotations_directory = PosixPath('Picks/job019/annotations') │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job019') │ │
│ │ pipeline_control = PosixPath('Picks/job019') │ │
│ │ tilt_series_star_file = PosixPath('Tomograms/job016/tomograms.star') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /opt/anaconda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_python │
│ _programs/_utils/relion.py:75 in pipeline_job │
│ │
│ 72 │ │ │ job_directory.mkdir(parents=True, exist_ok=True) │
│ 73 │ │ try: │
│ 74 │ │ │ pipeline_directory = kwargs.pop(PIPELINE_CONTROL_KEYWORD_AR │
│ ❱ 75 │ │ │ func(*args, **kwargs) │
│ 76 │ │ │ if job_directory is not None and pipeline_directory is not │
│ 77 │ │ │ │ write_job_success_file(job_directory) │
│ 78 │ │ except BaseException: │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ args = () │ │
│ │ func = <function combine_particle_annotations at │ │
│ │ 0x74e7a41f9000> │ │
│ │ job_directory = PosixPath('Picks/job019') │ │
│ │ kwargs = { │ │
│ │ │ 'tilt_series_star_file': │ │
│ │ PosixPath('Tomograms/job016/tomograms.star'), │ │
│ │ │ 'annotations_directory': │ │
│ │ PosixPath('Picks/job019/annotations'), │ │
│ │ │ 'output_directory': PosixPath('Picks/job019') │ │
│ │ } │ │
│ │ pipeline_directory = PosixPath('Picks/job019') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /opt/anaconda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tomography_python │
│ _programs/get_particle_poses/particles.py:59 in combine_particle_annotations │
│ │
│ 56 │ │ │ 'rlnCoordinateZ': 'rlnCenteredCoordinateZAngst' │
│ 57 │ │ }, inplace=True) │
│ 58 │ │ │
│ ❱ 59 │ │ df.insert(loc=0, column='rlnTomoName', value=tilt_series_id) │
│ 60 │ │ │
│ 61 │ │ dfs.append(df) │
│ 62 │ df = pd.concat(dfs) │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ annotation_files = <generator object Path.glob at 0x74e65da62ff0> │ │
│ │ annotations_directory = PosixPath('Picks/job019/annotations') │ │
│ │ df = rlnTomoName ... rlnCenteredCoordinateZAngst │ │
│ │ 0 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 1 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 2 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 3 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 4 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 5 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 6 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 7 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 8 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 9 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 10 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 11 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 12 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 13 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 14 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 15 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 16 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 17 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 18 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 19 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 20 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 21 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 22 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 23 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 24 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 25 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 26 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 27 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 28 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 29 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 30 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 31 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 32 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 33 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 34 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 35 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 36 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 37 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 38 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 39 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 40 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 41 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 42 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 43 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 44 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 45 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 46 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ │ │
│ │ [47 rows x 4 columns] │ │
│ │ dfs = [] │ │
│ │ file = PosixPath('Picks/job019/annotations/TS_03_parti… │ │
│ │ global_df = │ │ │ rlnVoltage ... │ │
│ │ rlnTomogramProjection │ │
│ │ rlnTomoName ... │ │
│ │ TS_01 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_01.mrc │ │
│ │ TS_02 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_02.mrc │ │
│ │ TS_03 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_03.mrc │ │
│ │ TS_04 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_04.mrc │ │
│ │ TS_05 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_05.mrc │ │
│ │ TS_06 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_06.mrc │ │
│ │ TS_07 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_07.mrc │ │
│ │ TS_08 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_08.mrc │ │
│ │ TS_09 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job016/projections/rec_TS_09.mrc │ │
│ │ │ │
│ │ [9 rows x 14 columns] │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job019') │ │
│ │ pixel_size = 1.7005 │ │
│ │ scale_factor = 9.9999994115 │ │
│ │ tilt_series_id = 'TS_03' │ │
│ │ tilt_series_star_file = PosixPath('Tomograms/job016/tomograms.star') │ │
│ │ tomo_center = array([3399.2995, 3399.2995, 3399.2995]) │ │
│ │ tomo_size = array([4000., 4000., 4000.]) │ │
│ │ xyz = array([[-1.82922769e+03, 1.22279731e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-1.13987547e+03, 1.24594838e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-8.06295463e+02, 9.23006886e+02, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-6.38710772e+02, 1.09388973e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-9.60375314e+02, 6.40784022e+02, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 3.80618068e+02, 1.15324592e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 1.90388089e+02, 1.59316615e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 4.53806103e+02, 1.67827271e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 1.02293763e+03, 1.33695648e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 1.11161857e+03, 1.55249337e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 1.24984572e+03, 1.76850728e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 1.23450048e+03, 5.48115963e+00, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 1.18717790e+03, 1.94937498e+02, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 7.70865675e+02, -1.11368326e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 5.90161875e+02, -1.62323111e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 8.04779223e+02, -1.61290777e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 4.46700554e+02, -2.14067743e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-7.93485254e+01, -2.38932489e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [ 9.94345541e+01, -2.51145921e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-3.76460028e+02, -2.40869952e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-2.16747307e+02, -2.68790124e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-1.43006221e+03, -2.34453007e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-3.06088543e+03, -7.21208648e+02, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-1.21495326e+03, 1.73239099e+03, │ │
│ │ 7.00299910e-01], │ │
│ │ │ [-2.36399029e+03, -1.39334857e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-2.07033198e+03, -1.85291559e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-1.07461653e+03, -1.90938532e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-1.06073892e+03, -2.05787846e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-8.08796262e+02, -2.06370984e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-3.46931990e+02, -2.41431586e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-2.40935726e+02, -2.68990623e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 1.49358331e+02, -2.49210806e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-5.01932471e+01, -2.35778813e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 5.37307048e+02, -1.23743115e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 7.50611976e+02, -1.50785985e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 9.74066873e+02, -1.55525071e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 1.39388416e+03, -1.41909611e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 1.11008588e+03, -7.07594378e+02, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 1.56576589e+03, -3.02582683e+01, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-5.01985351e+02, 6.92967469e+02, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-9.92531512e+02, 6.09802664e+02, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-1.06080124e+03, 1.24080906e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-1.48797798e+03, 1.42660822e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-1.75412960e+03, 1.61395770e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [-8.26463811e+02, 1.75500180e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 4.10270356e+02, 1.13524521e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02], │ │
│ │ │ [ 2.10693764e+03, 1.18048013e+03, │ │
│ │ -1.43210082e+02]]) │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /opt/anaconda/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame │
│ .py:4931 in insert │
│ │
│ 4928 │ │ │ ) │
│ 4929 │ │ if not allow_duplicates and column in self.columns: │
│ 4930 │ │ │ # Should this be a different kind of error?? │
│ ❱ 4931 │ │ │ raise ValueError(f"cannot insert {column}, already exist │
│ 4932 │ │ if not is_integer(loc): │
│ 4933 │ │ │ raise TypeError("loc must be int") │
│ 4934 │ │ # convert non stdlib ints to satisfy typing checks │
│ │
│ ╭────────────────────────────── locals ───────────────────────────────╮ │
│ │ allow_duplicates = False │ │
│ │ column = 'rlnTomoName' │ │
│ │ loc = 0 │ │
│ │ self = rlnTomoName ... rlnCenteredCoordinateZAngst │ │
│ │ 0 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 1 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 2 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 3 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 4 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 5 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 6 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 7 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 8 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 9 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 10 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 11 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 12 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 13 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 14 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 15 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 16 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 17 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 18 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 19 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 20 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 21 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 22 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 23 TS_03 ... 0.700300 │ │
│ │ 24 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 25 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 26 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 27 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 28 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 29 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 30 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 31 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 32 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 33 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 34 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 35 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 36 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 37 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 38 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 39 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 40 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 41 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 42 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 43 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 44 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 45 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ 46 TS_03 ... -143.210082 │ │
│ │ │ │
│ │ [47 rows x 4 columns] │ │
│ │ value = 'TS_03' │ │
│ ╰─────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
ValueError: cannot insert rlnTomoName, already exists
I have also encountered this error.
Error message:
Please cite the full error message as the example below.
run.err
╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮
│ in combine_particle_annotations:2 │
│ ╭─────────────────────────────── locals ───────────────────────────────╮ │
│ │ annotations_directory = PosixPath('Picks/job014/annotations') │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job014') │ │
│ │ pipeline_control = PosixPath('Picks/job014') │ │
│ │ tilt_series_star_file = PosixPath('Tomograms/job005/tomograms.star') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/michalakdj/mambaforge/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tom │
│ ography_python_programs/_utils/relion.py:75 in pipeline_job │
│ │
│ 72 │ │ │ job_directory.mkdir(parents=True, exist_ok=True) │
│ 73 │ │ try: │
│ 74 │ │ │ pipeline_directory = kwargs.pop(PIPELINE_CONTROL_KEYWORD_AR │
│ ❱ 75 │ │ │ func(*args, **kwargs) │
│ 76 │ │ │ if job_directory is not None and pipeline_directory is not │
│ 77 │ │ │ │ write_job_success_file(job_directory) │
│ 78 │ │ except BaseException: │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ args = () │ │
│ │ func = <function combine_particle_annotations at │ │
│ │ 0x72df3f3fa170> │ │
│ │ job_directory = PosixPath('Picks/job014') │ │
│ │ kwargs = { │ │
│ │ │ 'tilt_series_star_file': │ │
│ │ PosixPath('Tomograms/job005/tomograms.star'), │ │
│ │ │ 'annotations_directory': │ │
│ │ PosixPath('Picks/job014/annotations'), │ │
│ │ │ 'output_directory': PosixPath('Picks/job014') │ │
│ │ } │ │
│ │ pipeline_directory = PosixPath('Picks/job014') │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/michalakdj/mambaforge/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/tom │
│ ography_python_programs/get_particle_poses/particles.py:59 in │
│ combine_particle_annotations │
│ │
│ 56 │ │ │ 'rlnCoordinateZ': 'rlnCenteredCoordinateZAngst' │
│ 57 │ │ }, inplace=True) │
│ 58 │ │ │
│ ❱ 59 │ │ df.insert(loc=0, column='rlnTomoName', value=tilt_series_id) │
│ 60 │ │ │
│ 61 │ │ dfs.append(df) │
│ 62 │ df = pd.concat(dfs) │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ annotation_files = <generator object Path.glob at 0x72de9c796ea0> │ │
│ │ annotations_directory = PosixPath('Picks/job014/annotations') │ │
│ │ df = │ rlnTomoName ... │ │
│ │ rlnCenteredCoordinateZAngst │ │
│ │ 0 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 32.690865 │ │
│ │ 1 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 34.057845 │ │
│ │ 2 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 34.057845 │ │
│ │ 3 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 34.057845 │ │
│ │ 4 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 34.057845 │ │
│ │ 5 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 34.057845 │ │
│ │ 6 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 34.057845 │ │
│ │ 7 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 79.303406 │ │
│ │ 8 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 79.303406 │ │
│ │ 9 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 41.787226 │ │
│ │ 10 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 103.038337 │ │
│ │ 11 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 127.593457 │ │
│ │ 12 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 127.593457 │ │
│ │ 13 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ 172.018818 │ │
│ │ 14 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -108.240357 │ │
│ │ 15 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -108.240357 │ │
│ │ 16 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -108.240357 │ │
│ │ 17 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -108.240357 │ │
│ │ 18 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -108.240357 │ │
│ │ 19 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -108.240357 │ │
│ │ 20 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -58.583316 │ │
│ │ 21 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -58.583316 │ │
│ │ 22 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -138.027147 │ │
│ │ 23 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -138.027147 │ │
│ │ 24 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -179.681418 │ │
│ │ 25 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -179.681418 │ │
│ │ 26 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -129.750977 │ │
│ │ 27 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -129.750977 │ │
│ │ 28 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 29 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 30 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 31 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 32 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 33 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 34 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 35 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 36 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 37 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -35.121776 │ │
│ │ 38 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -55.538816 │ │
│ │ 39 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -55.538816 │ │
│ │ 40 AQB1tomo008 ... │ │
│ │ -28.485986 │ │
│ │ │ │
│ │ [41 rows x 4 columns] │ │
│ │ dfs = [] │ │
│ │ file = PosixPath('Picks/job014/annotations/AQB1tomo008… │ │
│ │ global_df = │ │ │ rlnVoltage ... │ │
│ │ rlnTomogramProjection │ │
│ │ rlnTomoName ... │ │
│ │ AQB1tomo002 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo002.mrc │ │
│ │ AQB1tomo005 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo005.mrc │ │
│ │ AQB1tomo006 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo006.mrc │ │
│ │ AQB1tomo008 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo008.mrc │ │
│ │ AQB1tomo012 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo012.mrc │ │
│ │ AQB1tomo013 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo013.mrc │ │
│ │ AQB1tomo014 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo014.mrc │ │
│ │ AQB1tomo015 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo015.mrc │ │
│ │ AQB1tomo018 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo018.mrc │ │
│ │ AQB1tomo019 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo019.mrc │ │
│ │ AQB1tomo020 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo020.mrc │ │
│ │ AQB1tomo021 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo021.mrc │ │
│ │ AQB1tomo022 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo022.mrc │ │
│ │ AQB1tomo024 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo024.mrc │ │
│ │ AQB1tomo028 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo028.mrc │ │
│ │ AQB1tomo029 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo029.mrc │ │
│ │ AQB1tomo030 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo030.mrc │ │
│ │ AQB1tomo031 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo031.mrc │ │
│ │ AQB1tomo037 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo037.mrc │ │
│ │ AQB1tomo038 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo038.mrc │ │
│ │ AQB1tomo040 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo040.mrc │ │
│ │ AQB1tomo042 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo042.mrc │ │
│ │ AQB1tomo045 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo045.mrc │ │
│ │ AQB1tomo048 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo048.mrc │ │
│ │ AQB1tomo049 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo049.mrc │ │
│ │ AQB1tomo053 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo053.mrc │ │
│ │ AQB1tomo054 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo054.mrc │ │
│ │ AQB1tomo055 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo055.mrc │ │
│ │ AQB1tomo056 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo056.mrc │ │
│ │ AQB1tomo057 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo057.mrc │ │
│ │ AQB1tomo059 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo059.mrc │ │
│ │ AQB1tomo063 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo063.mrc │ │
│ │ AQB1tomo069 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo069.mrc │ │
│ │ AQB1tomo072 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo072.mrc │ │
│ │ AQB1tomo073 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo073.mrc │ │
│ │ AQB1tomo075 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo075.mrc │ │
│ │ AQB1tomo083 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo083.mrc │ │
│ │ AQB1tomo084 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo084.mrc │ │
│ │ AQB1tomo085 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo085.mrc │ │
│ │ AQB1tomo086 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo086.mrc │ │
│ │ AQB1tomo090 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo090.mrc │ │
│ │ AQB1tomo092 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo092.mrc │ │
│ │ AQB1tomo126 300.0 ... │ │
│ │ Tomograms/job005/projections/rec_AQB1tomo126.mrc │ │
│ │ │ │
│ │ [43 rows x 14 columns] │ │
│ │ output_directory = PosixPath('Picks/job014') │ │
│ │ pixel_size = 2.116 │ │
│ │ scale_factor = 10.000000168 │ │
│ │ tilt_series_id = 'AQB1tomo008' │ │
│ │ tilt_series_star_file = PosixPath('Tomograms/job005/tomograms.star') │ │
│ │ tomo_center = array([4758.884, 6345.884, 1479.084]) │ │
│ │ tomo_size = array([4500., 6000., 1400.]) │ │
│ │ xyz = array([[ 2909.48431883, -2202.07721038, │ │
│ │ 32.6908654 ], │ │
│ │ │ [ 3011.56576054, -1987.01280677, │ │
│ │ 34.05784542], │ │
│ │ │ [ 3218.98612403, -1942.16363602, │ │
│ │ 34.05784542], │ │
│ │ │ [ 3324.05659579, -2103.34633873, │ │
│ │ 34.05784542], │ │
│ │ │ [ 3217.346774 , -2305.80800213, │ │
│ │ 34.05784542], │ │
│ │ │ [ 3067.29606148, -2301.02093205, │ │
│ │ 34.05784542], │ │
│ │ │ [ 3379.78689673, -2417.354464 , │ │
│ │ 34.05784542], │ │
│ │ │ [ 3517.09849904, -2110.34495884, │ │
│ │ 79.30340618], │ │
│ │ │ [ 3623.29128082, -2250.97685121, │ │
│ │ 79.30340618], │ │
│ │ │ [ 3553.55110965, -2409.48865387, │ │
│ │ 41.78722555], │ │
│ │ │ [ 3779.74458345, -2229.97209085, │ │
│ │ 103.03833658], │ │
│ │ │ [ 3908.67670562, -2037.29586762, │ │
│ │ 127.59345699], │ │
│ │ │ [ 3599.98466043, -1934.80793589, │ │
│ │ 127.59345699], │ │
│ │ │ [ 3782.12793349, -1899.5240553 , │ │
│ │ 172.01881774], │ │
│ │ │ [ 2992.29405022, -2790.95607028, │ │
│ │ -108.24035697], │ │
│ │ │ [ 3099.60913202, -2911.03717229, │ │
│ │ -108.24035697], │ │
│ │ │ [ 3292.82736527, -2876.02822171, │ │
│ │ -108.24035697], │ │
│ │ │ [ 3394.61609698, -2680.27174842, │ │
│ │ -108.24035697], │ │
│ │ │ [ 3288.42331519, -2539.63984606, │ │
│ │ -108.24035697], │ │
│ │ │ [ 3089.72284186, -2591.62940693, │ │
│ │ -108.24035697], │ │
│ │ │ [ 2785.34294674, -2487.35316518, │ │
│ │ -58.58331614], │ │
│ │ │ [ 2961.68255971, -2427.78802418, │ │
│ │ -58.58331614], │ │
│ │ │ [ 2743.16286603, -2652.41618795, │ │
│ │ -138.02714747], │ │
│ │ │ [ 2826.43363743, -2795.74791036, │ │
│ │ -138.02714747], │ │
│ │ │ [ 2772.28458652, -2961.20795314, │ │
│ │ -179.68141817], │ │
│ │ │ [ 2863.71408806, -3121.95546584, │ │
│ │ -179.68141817], │ │
│ │ │ [ 3034.35776093, -3074.26099504, │ │
│ │ -129.75097733], │ │
│ │ │ [ 3139.9893827 , -3225.16829757, │ │
│ │ -129.75097733], │ │
│ │ │ [ 3562.06684979, -3038.29026443, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3383.05073678, -3063.45901486, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3433.29879763, -3394.44774042, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3324.4295258 , -3219.41944748, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3584.47181017, -3378.68402015, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3673.74187167, -3161.94155651, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3863.59320486, -3188.58499696, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3738.75320276, -3472.81468173, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3905.68252556, -3502.15794223, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 4001.98901718, -3323.38206922, │ │
│ │ -35.12177574], │ │
│ │ │ [ 3547.56321955, -2761.53655978, │ │
│ │ -55.53881608], │ │
│ │ │ [ 3664.72048152, -2868.20726158, │ │
│ │ -55.53881608], │ │
│ │ │ [ 3631.38320096, -3619.6572042 , │ │
│ │ -28.48598563]]) │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /home/michalakdj/mambaforge/envs/relion-5.0/lib/python3.10/site-packages/pan │
│ das/core/frame.py:5158 in insert │
│ │
│ 5155 │ │ │ ) │
│ 5156 │ │ if not allow_duplicates and column in self.columns: │
│ 5157 │ │ │ # Should this be a different kind of error?? │
│ ❱ 5158 │ │ │ raise ValueError(f"cannot insert {column}, already exist │
│ 5159 │ │ if not is_integer(loc): │
│ 5160 │ │ │ raise TypeError("loc must be int") │
│ 5161 │ │ # convert non stdlib ints to satisfy typing checks │
│ │
│ ╭─────────────────────────────── locals ───────────────────────────────╮ │
│ │ allow_duplicates = False │ │
│ │ column = 'rlnTomoName' │ │
│ │ loc = 0 │ │
│ │ self = │ rlnTomoName ... rlnCenteredCoordinateZAngst │ │
│ │ 0 AQB1tomo008 ... 32.690865 │ │
│ │ 1 AQB1tomo008 ... 34.057845 │ │
│ │ 2 AQB1tomo008 ... 34.057845 │ │
│ │ 3 AQB1tomo008 ... 34.057845 │ │
│ │ 4 AQB1tomo008 ... 34.057845 │ │
│ │ 5 AQB1tomo008 ... 34.057845 │ │
│ │ 6 AQB1tomo008 ... 34.057845 │ │
│ │ 7 AQB1tomo008 ... 79.303406 │ │
│ │ 8 AQB1tomo008 ... 79.303406 │ │
│ │ 9 AQB1tomo008 ... 41.787226 │ │
│ │ 10 AQB1tomo008 ... 103.038337 │ │
│ │ 11 AQB1tomo008 ... 127.593457 │ │
│ │ 12 AQB1tomo008 ... 127.593457 │ │
│ │ 13 AQB1tomo008 ... 172.018818 │ │
│ │ 14 AQB1tomo008 ... -108.240357 │ │
│ │ 15 AQB1tomo008 ... -108.240357 │ │
│ │ 16 AQB1tomo008 ... -108.240357 │ │
│ │ 17 AQB1tomo008 ... -108.240357 │ │
│ │ 18 AQB1tomo008 ... -108.240357 │ │
│ │ 19 AQB1tomo008 ... -108.240357 │ │
│ │ 20 AQB1tomo008 ... -58.583316 │ │
│ │ 21 AQB1tomo008 ... -58.583316 │ │
│ │ 22 AQB1tomo008 ... -138.027147 │ │
│ │ 23 AQB1tomo008 ... -138.027147 │ │
│ │ 24 AQB1tomo008 ... -179.681418 │ │
│ │ 25 AQB1tomo008 ... -179.681418 │ │
│ │ 26 AQB1tomo008 ... -129.750977 │ │
│ │ 27 AQB1tomo008 ... -129.750977 │ │
│ │ 28 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 29 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 30 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 31 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 32 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 33 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 34 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 35 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 36 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 37 AQB1tomo008 ... -35.121776 │ │
│ │ 38 AQB1tomo008 ... -55.538816 │ │
│ │ 39 AQB1tomo008 ... -55.538816 │ │
│ │ 40 AQB1tomo008 ... -28.485986 │ │
│ │ │ │
│ │ [41 rows x 4 columns] │ │
│ │ value = 'AQB1tomo008' │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
ValueError: cannot insert rlnTomoName, already exists
Solved my issue. I updated RELION's code with git pull and updated the conda environment. This added an if statement that takes care of the issue.
Can confirm "particle" extraction works in commit 6331fe. git log attributes fix to Bogdan Toader, so thanks for the fix!