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在ggcoverage中绘制基因结构的注释图的三个问题

Open wsweishang opened this issue 3 years ago • 1 comments

1)读取的gff文件需要包含哪些基因信息,才能正常绘制? 原本用烟草参考基因组注释文件画图时会报错:

> basic.coverage + geom_gene(gtf.gr = gtf.gr)
Error in `dplyr::select()`:
! Can't subset columns that don't exist.
✖ Column `gene_type` doesn't exist.
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
> 

对比示例gtf文件,发现缺少一些基因注释信息,手动补充了一下,可以画出来了,但是读取的gff文件需要包含哪些基因信息,才能正常绘制?

3D6B2F83-DD18-4809-A3D5-8562AE57C743 90573A0F-BA15-41f2-8981-04C121FFF08F

2)目标基因有7个外显子,为何只显示六个? 目标基因包含有7个外显子,为何只显示六个?图中的各形状分别代表哪些基因信息?此外是否有图例参考? 520A217C-3992-4006-9947-CD4D0A0D33F6

3)目标基因所在的基因组区间也不对 目标基因位于421068-432552,为何图上从420000之前就开始? 4B18FB67-B159-4029-B019-38651CE0CB37

4)可否提供您的邮箱以便发送代码和输入文件测试?

wsweishang avatar Oct 20 '22 02:10 wsweishang

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showteeth avatar Oct 21 '22 03:10 showteeth