非模式生物用Eggnog自构注释文件使用enrichCluster报错

[zwj2022]

您好，非常感谢作者的软件。 我使用broccoli的蛋白序列在Eggnog自构注释文件，然后使用AnnotationForge构建Org.My.eg.db。

AnnotationForge::makeOrgPackage(gene_info=gene_info, go=gene2go, maintainer='ZWJ', author='ZWJ', outputDir = "./", tax_id = 0000, genus = 'M', species = 'y', goTable = 'go', version = '1.0')

但用此使用enrichCluster一直出现报错：

enrich<- enrichCluster(object = ck, OrgDb= org.My.eg.db, fromType = 'GID', toType = 'GID', type= "BP", pvalueCutoff= 0.05, topn= 5, seed = 5201314) 'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns Error in map(): ℹ In index: 1. Caused by error in [.data.frame: ! 选择了未定义的列 Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.

详细报错信息如下

rlang::last_trace() <error/purrr_error_indexed> Error in map(): ℹ In index: 1. Caused by error in [.data.frame: ! 选择了未定义的列

---

Backtrace: ▆

1. └─ClusterGVis::enrichCluster(...)
2. └─purrr::map_df(...)

3. └─purrr::map(.x, .f, ...)
   

4.   └─purrr:::map_("list", .x, .f, ..., .progress = .progress)
   

5.     ├─purrr:::with_indexed_errors(...)
   

6.     │ └─base::withCallingHandlers(...)
   

7.     ├─purrr:::call_with_cleanup(...)
   

8.     └─ClusterGVis (local) .f(.x[[i]], ...)
   

9.       └─clusterProfiler::bitr(...)
   

10.         ├─base::which(is.na(res[, 2]))
    

11.         ├─res[, 2]
    

12.         └─base::`[.data.frame`(res, , 2)
    

13.           └─base::stop("undefined columns selected")
    

求解释。。。求解决。。。各种求。。。

[sjxmushroom]

我也是这个问题，求解决求解决

[junjunlab]

你可以自己用clusterprofiler做富集,然后准备结果给viscluster绘图也是一样的

[zwj2022]

亲，你现在解决了吗？

J @.***

 

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "junjunlab/ClusterGVis" @.>; 发送时间: 2023年12月25日(星期一) 晚上11:25 @.>; @.@.>; 主题: Re: [junjunlab/ClusterGVis] 非模式生物用Eggnog自构注释文件使用enrichCluster报错 (Issue #60)

我也是这个问题，求解决求解决

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[cxy0201]

求问解决了吗！我也是这个问题