ClusterGVis
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使用热图分簇后表达模式并不相近的问题
首先十分感谢大神的R包,为我这个小白刚开始的课题打下了第一步。
有一个小问题,就是当我加载我自己数据后使用语句
ck <- clusterData(exp = x,
cluster.method = "kmeans",
cluster.num = 10)
Rstudio会反馈给我一张分为10个簇的热图,这个时候的分簇信息看起来是正确的
但是当我使用语句
visCluster(object = ck,
plot.type = "heatmap",
column_names_rot = 45)
Rstudio反馈给我的热图确实另一张分为10个簇的热图,而这张热图的聚类信息看起来是有问题的,因为他讲表达模式明显不同的基因也聚为一个簇。请问这是什么原因造成的呢?
谢谢!
在我更新R包后,问题已经解决!谢谢大神