bids-validator
bids-validator copied to clipboard
Inconsistent parameter warnings: SliceTiming
trafficstars
It seems that the validator does not throw warning when slice timing are different across runs.
Modified ds114 from the bids examples as follow:
- added a
ds114/sub-01/ses-test/func/sub-01_ses-test_task-fingerfootlips_bold.jsonwith
{
"EchoTime": 0.05,
"FlipAngle": 90,
"RepetitionTime": 2.5,
"SliceTiming": [
0.0,
1.0,
2.0
],
"TaskName": "finger_foot_lips"
}
to be very different from the values in the root JSON:
{
"EchoTime": 0.05,
"FlipAngle": 90,
"RepetitionTime": 2.5,
"SliceTiming": [
0.0,
1.2499999999999998,
0.08333333333333333,
1.333333333333333,
0.16666666666666666,
1.4166666666666663,
0.25,
1.4999999999999996,
0.3333333333333333,
1.5833333333333328,
0.41666666666666663,
1.666666666666666,
0.5,
1.7499999999999993,
0.5833333333333333,
1.8333333333333326,
0.6666666666666666,
1.9166666666666659,
0.75,
1.9999999999999991,
0.8333333333333333,
2.083333333333332,
0.9166666666666666,
2.1666666666666656,
1.0,
2.249999999999999,
1.0833333333333333,
2.333333333333332,
1.1666666666666665,
2.416666666666665
],
"TaskName": "finger_foot_lips"
}
Running this
bids-validator bids-validator/tests/data/bids-examples/ds114 --config.ignore=99 --ignoreNiftiHeaders
gives me code 38 warning:
1: [WARN] Not all subjects contain the same files. Each subject should contain the same number of files with the same naming unless some files are known to be missing. (code: 38 - INCONSISTENT_SUBJECTS)
But I think I would have expected a warning code 39: 'INCONSISTENT_PARAMETERS'
Spotted by @JacMatu in https://github.com/cpp-lln-lab/bidspm/issues/967