bids-validator icon indicating copy to clipboard operation
bids-validator copied to clipboard

Inconsistent parameter warnings: SliceTiming

Open Remi-Gau opened this issue 2 years ago • 5 comments
trafficstars

It seems that the validator does not throw warning when slice timing are different across runs.

Modified ds114 from the bids examples as follow:

  • added a ds114/sub-01/ses-test/func/sub-01_ses-test_task-fingerfootlips_bold.json with
{
    "EchoTime": 0.05,
    "FlipAngle": 90,
    "RepetitionTime": 2.5,
    "SliceTiming": [
        0.0,
        1.0,
        2.0
    ],
    "TaskName": "finger_foot_lips"
}

to be very different from the values in the root JSON:

{
    "EchoTime": 0.05,
    "FlipAngle": 90,
    "RepetitionTime": 2.5,
    "SliceTiming": [
        0.0,
        1.2499999999999998,
        0.08333333333333333,
        1.333333333333333,
        0.16666666666666666,
        1.4166666666666663,
        0.25,
        1.4999999999999996,
        0.3333333333333333,
        1.5833333333333328,
        0.41666666666666663,
        1.666666666666666,
        0.5,
        1.7499999999999993,
        0.5833333333333333,
        1.8333333333333326,
        0.6666666666666666,
        1.9166666666666659,
        0.75,
        1.9999999999999991,
        0.8333333333333333,
        2.083333333333332,
        0.9166666666666666,
        2.1666666666666656,
        1.0,
        2.249999999999999,
        1.0833333333333333,
        2.333333333333332,
        1.1666666666666665,
        2.416666666666665
    ],
    "TaskName": "finger_foot_lips"
}

Running this

 bids-validator bids-validator/tests/data/bids-examples/ds114 --config.ignore=99 --ignoreNiftiHeaders

gives me code 38 warning:

1: [WARN] Not all subjects contain the same files. Each subject should contain the same number of files with the same naming unless some files are known to be missing. (code: 38 - INCONSISTENT_SUBJECTS)

But I think I would have expected a warning code 39: 'INCONSISTENT_PARAMETERS'

Spotted by @JacMatu in https://github.com/cpp-lln-lab/bidspm/issues/967

Remi-Gau avatar Apr 19 '23 11:04 Remi-Gau