关于gseaplot2()添加ggplot2图层的问题

[HengqiLiu]

想基于gseaplot2()做出的图做一些个性化的添加，但是按照ggplot2的方法，一层一层的添加图层好像不可以 例如 p= gseaplot2(gsea_NT5E, geneSetID = ID_NT5E, # pvalue_table = T, base_size =9, color = "#63be48", subplots = 1:2, title = ID_NT5E) + annotate("text", x = 4, y = 25, label = "add text",color="orange",size = 5, angle=45, fontface="bold" )

想问一下是我写的作图代码有问题嘛，万分感谢🙏🙏🙏

[huerqiang]

gseaplot2支持使用ggplot2添加图层，但gseaplot2是三个图合并到一起的，你直接添加会加到最后一个图上。你如果想添加到第一个图（最上面的图），可以用：

p <- gseplot2(...)
p[[1]] <- p[[1]] + annotate(...)
p

你说的“好像不可以”，不知道你有没有试着改变annotate的位置，，，，，

[HengqiLiu]

我明白了老师，谢谢您！！！

[jijitoutou]

gseaplot2支持使用ggplot2添加图层，但gseaplot2是三个图合并到一起的，你直接添加会加到最后一个图上。你如果想添加到第一个图（最上面的图），可以用：

p <- gseplot2(...)
p[[1]] <- p[[1]] + annotate(...)
p

你说的“好像不可以”，不知道你有没有试着改变annotate的位置，，，，， 请问博主，cnetplot()函数可以基于pvalue输出富集分析的结果吗？谢谢！

[huerqiang]

你说的“基于pvalue输出富集分析的结果”具体指的是什么，是根据pvalua筛选富集结果，还是用pvalue给cnetplot的基因节点着色？

[jijitoutou]

你说的“基于pvalue输出富集分析的结果”具体指的是什么，是根据pvalua筛选富集结果，还是用pvalue给cnetplot的基因节点着色？

想实现根据pvalua筛选富集结果，默认是根据p.adjust输出的。请博主提供下参数设置的代码，谢谢。

[huerqiang]

@jijitoutou 可以用filter来筛选。

[jijitoutou]

@jijitoutou 可以用filter来筛选。

即便筛选保留了p value小于0.05的结果，出图的时候还是会默认依据p.adj这一列结果输出

[huerqiang]

@jijitoutou 你应该首先确保你的富集结果保留了pvalue < 0.05的，而不是p.adj < 0.05。出图并不会筛选你的p.adj。

[jijitoutou]

@jijitoutou 你应该首先确保你的富集结果保留了pvalue < 0.05的，而不是p.adj < 0.05。出图并不会筛选你的p.adj。

是的 我查看了表 就是这样的情况。但是出不来图。 之前有一次出图，我想按照qvalue出图，qvalue有10个结果，p.adj有9个结果，最后我数了，通路只有9个

[huerqiang]

@jijitoutou 你这个非常好解决，只要看一下自己的参数有没有使用p.adj进行筛选就可以了。你如果想完全按照pvalue进行筛选，在富集分析是就不要使用参数对pvalue和qvalue进行筛选（即阈值改为1），然后用filter筛选。